几种情况分别讨论：
1.组织目的一直是活捉，原因不难猜就是推进a药制作的进程，灰原在医院拿枪对着柯南时也做了这样的假设，应该说这种情况本身也在作者考量当中。那么琴贝二人击杀雪莉就纯粹是私人原因，琴酒是对于击杀叛徒的执著，贝姐则是因为a药的私人恩怨而波本则是实实在在的执行组织的任务。但这样的话琴酒做法就很是不顾大局了（贝姐身份特殊且有私人恩怨且放一边），当然琴酒不知道a药信息，以为是普通毒药可能尚未意识到灰原的重要性，所以即便组织要活捉他也认为杀了不影响大局，这样理解勉强倒也是可以。
2.第二种情况则是根据此次剧场版得知酒厂内部不团结的信息来做推断，既然目前出现对雪莉的两种不同处理方式那有没有可能是组织内部两个不同派别的不同指令呢？剧场版我们得知乌丸莲耶想毁掉识别系统也就是不想让外界知道他样貌变化的情况，那么对于研发a药的雪莉似乎是击杀掉才能保存a药秘密，那么作为乌丸派的贝姐自然也是遵循这一方针，那么琴酒很有可能也是乌丸一派的，还记得饭店篇就是两人联合出场，贝姐还特意点明怕琴酒办不妥自己也亲自参与了一下。当然目前只知道贝姐是唯一能联系上boss的人，朗姆都联系不上，琴酒应该也联系不上，琴酒连a药能了解不多，但是贝姐可以和琴酒共享boss的指示，饭店篇就是两人联手作案。
如果上述推理成立，那么波本理应和朗姆属于另一派，根据最近漫画朗姆对a药的渴望，自然希望活捉雪莉继续药物研发，毕竟贝姐吃的大概率是爱莲娜版本的冻龄版a药，朗姆想要恢复眼睛自然需要灰原版返老还童的a药。而且波本几次行动都是朗姆直接下达指令，而琴酒则对朗姆这个二把手态度并不友善，海猿岛篇可见一斑，也许不光是性格原因，还有派系原因。另外波本应该也是清楚两派区分的，他还拿贝姐和boss的关系调侃贝姐，被贝姐拿枪警告了。

当然大面上众人还是要听朗姆这个二把手的指挥，透贝一样会有合作，像fbi、mi6、日本公安这些都是组织共同的敌人等等。当然还有一种情况就是在列车篇之前组织是要击杀雪莉的，毕竟是叛徒还知晓不少组织情报，但在列车篇之后由于对灰原版a药有了更进一步的认识，比如那只缩小的小白鼠，雪莉是和其他同事说过这件事的，进而改变了组织对雪莉的处理方式，也不是没可能哈。大家可以探讨一下是哪种原因哈

饭店篇、满月篇、波本篇三个目标雪莉的篇章，目前看饭店篇是纯粹偶然发生的，因为灰原柯南在琴酒车里安装窃听器进而被发现，当然在这篇之前也有琴酒电话聊到组织出逃了一个叛徒，所以饭店篇可能更倾向于琴酒自己的行为，满月篇本身承接饭店篇，所以也更像是贝姐自己的行为，但是事后在车里贝姐有要给boss发信息汇报情况，所以这两个篇章是boss直接下达的命令？至少满月篇像是，而贝姐本身就参与了饭店篇，可否得出这两个篇章都是boss下达的击杀雪莉的命令呢（boss下指令给贝姐，贝姐联系了琴酒一起发动饭店篇，结果不成又开启了满月篇，满月篇最后也有琴酒参与）。而波本出动本身是接到组织高层指令而来，目标是活捉雪莉，看着更像是朗姆下达的指令，包括朗姆篇也是接到过朗姆的指令。是否变相是第二种情况的一个佐证呢？

个人的观点是组织统治层面的主要态度是必须捉活的，如果Sherry肯自己回来的话甚至愿意放下身段“箪食壶浆”迎接她。Sherry对组织科研方面的影响实在太大了。所以贝尔摩德因为个人恩怨想要杀掉她时只能带着自己的嫡系(这个说法不太准确，因为贝姐多半是没有真正所谓的“嫡系”的，这里指的就是跟她关系亲密的成员)去，例如卡尔瓦多斯；亦或是与波本同行时私自行事，试图炸毁列车。
当然，我同时认为组织高层中必然有一小部分人想要杀掉Sherry，他们出于不同的原因，例如从一开始就反对A药研发者；或是Sherry叛逃后想要借机扶持自己手下的科研人员以求高官厚禄者，甚至可能有单纯看Sherry不顺眼，有点像古时候武将看不起文官的那种心态的人。但是他们的想法跟态度不占主流，也不被认可，所以只能通过一些偷鸡摸狗的阴谋手段去试图除掉Sherry。不过包括组织的最高司令官(也就是组织领袖，不指代创始人乌丸)以及第二把交椅朗姆副官在内的一众领导者，主要态度都是必须要活的Sherry。

boss也一样杀雪莉吗？那他在满月篇结尾说贝姐不听话是为什么？

但，基尔篇琴酒不是已经有过主动请示boss改变行动目标杀小五郎的表现了吗何谈唯一

贝姐肯定是想杀的，原因是a药。琴酒不确定，因为他说着杀，却在天台六枪不中要害（别说因为他关心怎么逃出来的，列车篇他要直接炸月台的时候咋就不关心不想问了？当然，理解成人物塑造的bug也合理，毕竟时间线这么长）。boss和朗姆估计都不想杀，波本按朗姆指示也是活捉。皮斯可也没打算杀。
逻辑上，组织愿意从0开始培养sherry十几年，那可谓是寄予厚望。所以对a药垂涎的人都不会杀，明确想杀的人只有贝姐

怎么说呢？相比雪莉本身宝贵的价值，泄密的威胁更大。两害取其轻。

如果联系这次剧场版来看，应该是组织内部有两派。一派是BOSS派，因为怕直美研发的系统被应用导致BOSS的秘密被发现，所以想毁掉系统。另外一排是朗姆派，因为朗姆想用这个系统找到BOSS，所以不想毁掉这个系统，可是后来被贝姐骗了，以为这个系统不靠谱，才听从BOSS命令毁掉了系统。同理，BOSS派希望杀掉雪莉，因为他们怕雪莉泄漏了A药的秘密最终导致BOSS暴露（琴酒不知道Ａ药的秘密，但是他听BOSS的命令）。朗姆则希望借助雪莉的药帮他恢复眼睛，恢复青春，所以朗姆派是希望活捉雪莉的。这也就很好解释了列车篇，波本接朗姆的命令要活捉雪莉，贝姐却为了保护BOSS秘密（外加一些私人恩怨）要杀死雪莉，而琴酒则因为BOSS的命令加私人恩怨（甚至可能还有一点维持地位的想法，毕竟大家都觉得BOSS看重贝姐，而波本又是组织的后起之秀，这些在琴酒看来可能会对他的地位有威胁）想把雪莉.贝尔摩德.波本全部干掉。

我觉得组织的态度是击杀活捉都可以。列车篇之后组织的其他人都是死了就死了的态度，没有人说“她死了实验怎么办/怎么跟上面交代/可惜没活捉”之类的话，所以组织上层对于雪莉的死没什么异议。

如果有可能boss还是愿意活捉雪莉的，因为药物研究还没有成功，但是同时害怕秘密泄露，所以boss的命令应该是，尽量活捉，不得已时可以杀雪莉。如果boss命令是，必须活捉，贝姐也不敢杀雪莉吧！根据最新剧情，朗姆估计是想活捉。雪莉版本变小的秘密，估计贝姐也向boss隐瞒着，因为boss不可能容忍在世界上存在活着的吃药变小的人，因为这等于秘密泄露，也不会让贝姐继续用药杀玛丽了。

纠正一点，朗姆能联系上boss，是见不到，海猿岛不是刚联系过吗，剧场版说的是最近没见到boss本人
贝姐的动机不能单纯的用派系去理解，因为她本身希望组织垮掉，也痛恨a药，那肯定不能说乌丸想要组织垮了吧
琴酒不止一次直接接收到boss的命令，毛利那次还和boss请示，所以可以看出他也是能够联系的
实际上想要联系boss一点不难，那邮箱号码连柯南都知道，只是灰原不让他去查而已

感觉组织就和蛇灵差不多吧，boss袁天罡，朗姆对应肖清芳（肖清芳从关河案和崇州案后就像降智了一样直接变成暴躁大姐，朗姆羽案海猿岛之后直接就是不耐烦性子。感觉朗姆结局一种要么可能和肖清芳差不多），贝姐琴酒分别互串血灵闪灵，琴酒和boss关系类似闪灵和袁天罡（也就是若狭阿曼达那种养母女关系）雪莉变灵她俩都跑路了嘛。蛇灵案里boss袁天罡利用狄仁杰主角团势力清除了篡位的肖清芳派，乌丸家道中落后，朗姆篇崛起这里朗姆乌丸也可能互相利用红方和卧底互搞