在宿迁有许多水系，比如大运河、古黄河、苦潮河、淮河、垣曲河、徐家河以及海里河等。大运河是一条南北延伸的河流，由江苏省各地聚集而形成，东流入洪泽湖，并与古黄河汇合，是江苏省重要的水系之一。古黄河为宿迁地区重要的河流，其北支从苏北上游西向流经宿迁，东部输送水源给宿迁市，西部则进入汤河口，最终汇入洪泽湖。苦潮河以苦潮湖流出，流经宿迁一带，最终汇合古黄河及大运河；淮河从宿迁西南缘流经老马，最后于宿迁淮河永兴港汇入洪泽湖；垣曲河出宿霞河口，南至苦潮湖，再汇入大运河；徐家河起源于新沂，流经宿迁，东部流入洪泽湖，西部流入淮河；海里河从苏北流入，入流出宿迁，最后汇合洪泽湖。