发酵工程专业毕业生可以在食品、制药、化工等行业从事发酵工艺开发、生产管理、品质控制等方面的工作。同时，也可以选择转行到相关行业从事技术研发、生产管理、质量检验、市场营销等方面的工作。此外，还可以选择继续深造攻读相关硕士、博士学位，从事科研、教育等领域的工作。