南京联考考查的科目包括语文、数学、外语（英语、日语）、历史、地理和思想品德六门。在科目中，语文、数学和外语最为重要，也是考生们最关注的科目，历史、地理和思想品德则是次要科目。考生需要根据考试内容来准备，只有认真复习才能在考试中取得好成绩。