在南宁铁路局里，有机务段、车务段和工务段等部门。机务段包括南宁机务段和柳州机务段；车务段包括南宁车务段、柳州车务段、桂林车务段、百色车务段、玉林车务段和梧州车务段；工务段则包括南宁工务段、柳州工务段、桂林工务段、玉林工务段、百色工务段等。其中一些段负责的铁路线路包括衡柳铁路、柳南城际铁路、湘桂、焦柳、益湛、黎湛、黔桂和南昆等。