电子证书签名的操作分为三步：首先要准备好二级建造师证书、U盾或者是密钥的机器；然后在U盾上输入用户名密码以及口令，把电子证书装入U盾中；最后就可以通过U盾机器来签名文档。电子证书签名可以确保文档的真实性、完整性以及安全性。