从宫中逃亡出来的宫女王宁氏，带着襁褓中的女儿流落民间。20年后，女儿柳如是长成一位绝色才女。一次偶然的机会，她与赫赫有名的文坛领袖钱谦益在秦淮河畔邂逅了，二人由敬慕彼此的才华而心生爱意。在经过无助而无奈的时空等待、感情试探和生活考验之后，二人终于互明心迹并终成眷属。

　　然而一场大的时代变革到来了，宛如一场风暴把两人脆弱的爱情推向危机四伏的边缘 
。清朝摄政王多尔衮率八旗劲旅兵临南京城下，南明王朝君臣四散，留下钱谦益独撑危局。钱谦益为全城百姓免受涂炭，将南京城拱手相让。

　　多尔衮入城以后，将柳如是软禁在软香阁里劝她归顺。柳如是靠智慧和胆识使多尔衮甘拜下风，使多尔衮意识到，仅仅靠武力是不能使天下一统的。

　　剧中还辅以秦淮众佳丽的故事，将马湘兰、李香君、董小宛、陈圆圆这些红尘女子穿插其中。

　　《魂断秦淮》用了三十集的篇幅，通过一群才子佳人在变幻莫测的宫廷风云里，在改朝换代的历史舞台上的曲折人生道路，全景式地展现明清交替之际的江南社会风貌，以及满汉两个民族在血与火的洗礼中逐步融合的悲壮历程。