根据小说《超神宠兽店》的情节，小骷髅确实在主角封神时死亡了，但后来苏平花费自己的修为拯救了小骷髅，使其在众生愿像中复活。因此，小骷髅在小说中的结局是得以重生。可能是在后续的情节中，小骷髅的戏份不多或者没有明确提及，导致有些读者可能会感到有些困惑。建议您可以重新阅读相关章节或者参考小说官方网站的最新版本。