1、高压差导致脱盐率下降
压差升高同时往往伴随着脱盐率快速下降。在正常的流量下，压差的上升通常是由于膜元件水流量通道的隔网进入杂质，污染物质和水垢引起的，导致产水流量的下降。当超过设定的给水流量时，也会发生过大的压差，当启动时给水压力提升过快，发生水锤压差会很大，如果膜已经被污染，特别是微生物污染，压差也会增大。给水至浓水间的压差表示的是水力阻力，与给水的流速、温度有关，应该保持产水和浓水有一定的流速。
2、在线化学清洗不合理导致脱盐率下降
预处理和添加各种药剂只能将反渗透被污染的可能性降到低点，而不能彻底的杜绝。因此，长期运行的反渗透系统在经过一定时间的运行后，必须要充分论证和确认是哪一种污染物。
3、余氯的控制差导致脱盐率下降
在系统中，为防止反渗透的微生物污染，对反渗透进水要进行氯化处理。用比色计测定余氯，控制余氯的质量浓度在砂过滤器进口处一般为0.5mg/L，不小于0.3mg/L，在反渗透前保安过滤器处应小于0.1mg/L。而聚酰胺类膜的突出问题是防止其被氧化。进水余氯值和强氧化均对其造成不利的影响，必须严格控制。因而定期检测反渗透进水的余氯值极为重要。