１、反渗透膜膜性能的损坏，而造成膜污染
（1）新反渗透膜的保养不规范；（2）保养符合要求下，贮存时间超出1年；（3）停运状态下，反渗透膜保养不规范；（4）环境温度在5℃以下；（5）系统在高压状态下运行；（6）关机时的操作不当。
２、水质变化频繁而造成膜污染
原水水质同设计时的水质有变化，使预处理负荷加大，由于进水中含无机物、有机物、微生物、粒状物和胶体等杂质增多，因此膜污染机率增大。
３、清洗不及时与清洗方法不正确而造成膜污染
在使用过程中，膜除了性能的正常衰减外，清洗不及时与清洗方法不正确也是导致膜污染严重的一个重要因素。
４、没有正确投加药剂
复合聚酰胺膜在使用中，因为聚酰胺膜耐余氯性差，在使用中没有正确投加氯等消毒剂，加上用户对微生物的预防重视不够，容易导致微生物的污染。
５、膜表面磨损
膜元件被异物堵塞或膜表面受到磨损(如沙粒等)，此种情况要用探测法探测系统内元件,找到已经损坏元件,改造预处理,更换膜元件