初审案件
案发之后，江苏省巡抚张伯行和主考官分别上奏，据《江苏省通志稿》记载，张伯行呈上的奏折说：
今岁江南文闱，榜后议论纷纷，于九月二十四日有数百人抬财神入学宫，口称科场不公，臣不敢隐匿，相应奏明。
主考官左必藩亦自知罪责难逃，迫于形势，十月甲子日，主动呈上奏折说：
臣膺简命，典试江南，兢兢以搜拔人才为务。撤闱后闻舆论哗传，有句容知县王曰俞所荐之吴泌，山阳知县方名所荐之程光奎，皆不通文墨之人，臣不胜骇愕。或系传递代作文字，或与房官打通关节，亦未可定。祈将新中举人吴泌、程光奎或提至京复试，或发督、抚严讯，以正国法，面肃科场。至臣不能查出，罪亦难辞。
左必藩把主要罪责推给推荐考生的当地知县，自己只担当失职的罪名。因为在清朝，凡是参加乡试的秀才都要有本地知县的推荐信，推荐信上说明此人三代无劣迹，已经通过县试、府试、院试三场考试，是具备秀才资格的人。
康熙帝看到左必藩的奏折御批说：“该部严察议奏”。国家考试属礼部掌管，御批“该部”是指礼部。左必藩和张伯行两人的奏折下发到礼部，礼部官员合议后，于十一月丙戌日呈上奏折说：
江南科场一案，应行文该督抚将举人吴泌等解京，到日，请旨复试。如果文墨不通即将情弊严审究拟。
康熙没有同意礼部的合议，既然是扬州盐商行贿，在扬州设立特别审判庭比较适合，因为该年的两淮盐政是他的心腹李煦，能够暗中监视审判的进程，御批道：
这事情着张鹏翮会同江南、江西总督，江苏、安徽巡抚在扬州地方彻底详察，严加审明具奏。左必藩、赵晋俱着解任，发往质审。
康熙帝御批的第一次特别审判庭首席法官是钦差大臣、户部尚书兼武英殿大学士张鹏翮，会审的有两江总督噶礼、江苏省巡抚张伯行、安徽巡抚梁世勋，共四人。
这里有必要特别介绍一下噶礼为人以及他和张伯行的关系。白寿彝在《中国通史》清代册下第二十一章《张伯行》这样写道：
噶礼是满洲正红旗人，清开国勋臣何和礼的四世孙。他以勋臣之后，入朝为官。论才具，尚称能干。但他为人十分贪婪，纵容属员残虐百姓。康熙四十九年正月，他由山西巡抚擢升江南、江西总督。他本已声名狼藉，一到江南，又大张威福，搜括财物，更无所顾忌。适逢三年一次考核外任各级官员优劣，噶礼对其属吏多所包庇，隐匿其劣迹。张伯行查出，尽行揭露革职。从此，噶礼心怀忌恨。
康熙五十年十一月二十七日，主审官张鹏翮抵达扬州。那么，审理的结果如何呢？
李煦在康熙五十年十二月十二日上呈的密奏中这样报告审判庭初审的两条结果：
新举人程光奎自带夹带文字入场，新举人吴泌自认与相权连号代做文字，又买通关节。
正主考左必藩、副主考赵晋各自争辩，亦未审出贿卖实据。
由此可见，经过半个多月的审讯，案情只涉及到两个考生，等于没有审讯。又过了一个多月，到了康熙五十一年正月十六日，李煦又密奏会审科场案的最新进展：
审得举人程光奎素与副主考赵晋、山阳县知县方名交好，是以取中。
至于举人吴泌的贿买情由则比较复杂，是一个叫俞式承的人包揽，俞式承托的是一个名叫员星若的人，员星若一开始供认是前任安徽巡抚叶九思拿了五千两银子，江防叶同知拿了三千两；随后又说叶巡抚根本没有见他，所以他只好去另找李奇。这个李奇是前任巡抚的家人，据李奇供认，这贿买的十五锭金子交给了安徽藩司马逸姿的家人轩三，经审轩三，轩三并不承认。后来据江宁县知县苏埙报告，说有一个叫姚振宗的人出首，说李奇家中现藏金子，是李奇诬赖轩三。后果真在李奇家中取出了金子十五锭，并连同举报人一起正在审讯中，还没有完结。
