棉花受到枯黄萎病侵害时，应当采取以下措施进行治疗：
1. 农业防治：选择无病田种植，避免重茬连作，减少病菌的传播。加强田间管理，合理施肥，增施有机肥和磷钾肥，提高棉花的抗病能力。
2. 化学防治：在发病初期，可以使用适量的甲基硫菌灵、多菌灵或乙蒜素进行喷施，每隔7-10天喷施一次，连续喷施2-3次，可以有效控制病情。
3. 生物防治：使用枯草芽孢杆菌 哈茨木霉菌等生物制剂进行防治，可以有效提高植物的抗病能力，促进棉花生长。

通过以上方法，可以有效治疗棉花枯黄萎病，保护棉花的正常生长。