南宋景炎二年(1277)年底,端宗帝昰、卫王帝昺被元军破逼,退避大横琴深井村前海湾,时横琴岛为香山县长安乡辖地。清光绪年间,为香山县下恭镇辖地。清宣统年间至民国初年,为香山县第七区辖地。香山县改为中山县后,横琴仍为第七区辖。1986年11月,广东省人民政府批准成立横琴乡人民政府,隶属于香洲区管辖。1982年2月,撤乡建镇。2019年11月29日,横琴镇入选广东省森林小镇认定名单。2020年7月,全国爱卫会确认横琴镇为2019年国家卫生乡镇。2021年9月,横琴镇入选“2021年全国千强镇“。镇人民政府驻香洲区德政街26号。