帝国时光的故事发生在帝国北境边陲小镇，小镇依托黑暗时代的地下遗迹，整体环境阴暗潮湿常年不见阳光，周围遍布泥泽和蘑菇林。潮湿的环境会快速腐蚀木材和金属，需要涂刷遗迹内的防锈涂料才能长时间保存。由于涂料相对稀有，小镇内建筑主要以石制和有抗腐蚀能力的遗迹废料建成。
由于过于潮湿的环境，居民主要的食物来源是包菜和蘑菇。过于丰富的水资源让小镇面临红树林般的定期水患问题。
小镇北面的巨大山脉阻挡着永夜北地的寒风和未知的可怖之物。山的隘口驻扎着帝国北境防卫军，由一名帝国武士直接率领。帝国对小镇的定位是北境防卫的补给地，因此小镇居民会课以重税同时还要定期服以兵役。目前小镇已不宜生存，人口流失。
大工坊主（大炼金术士）在帝国有较高的地位，基础工作、采矿等繁杂的工作主要由见习工坊工及其奴仆完成。小镇内主要有2位大工坊主势同水火，分别为帝国内不同派系势力服务。
主角是被北境防卫军抓获无身份信息的游民被带到镇上，作为补充人口的大工坊主奴仆。主角通过自己奇迹般的炼金术....呃，工艺，一步步成为见习工坊工、工坊主，在即将成为大工坊主时，他会迎来自己的选择。
小镇面临着种种危机，而内部势力也及其复杂，完成相应势力的任务和订单会增加对应势力值，势力值决定进入哪个结局（2个大工坊主各支持一个帝国势力）。
普通居民承受着高额赋税和兵役（会有人死亡或失踪），完成他们的任务和订单不会增加势力值，但居民会在终局战斗中提供可靠帮助（过低则袖手旁观）；
游击队&联盟卧底势力：游击队是不堪帝国压迫决定自立或加入联邦的势力，部分失踪的居民以及死亡居民的家属会加入这个势力。联盟卧底头子则是在沙石镇出场的联邦传奇卧底，其余卧底则是由游戏开始时随机产生的暗数决定，每局不固定。可以通过言行观察和完成隐藏任务提升好感获得卧底邀请。终局任务是驱逐小镇其他帝国势力，加入了联盟。在联盟帮助下重现缩小版传奇工坊主的乌云驱散科技使小镇能正常种植作物，生活环境极大提高；（没选这个结局则卧底头子会离开，其他卧底则按照主角是否揭发决定是否离开）
正统帝国势力：正统帝国势力的首领是率领防卫军的武士，手下有沙石镇行动里失败的司令（作为惩罚而发配边防，司令在中期为了获得指挥权而被刺武士但失败了，武士受伤（卧底能赢的原因））。在协助武士对抗永夜极地无尽的失控机仆时，主角会发现帝国在独自面对足以摧毁全人类的威胁。在联盟的两次重要秘密行动都失败的情况下帝国也渐渐无力支撑，目前的小镇你的重税都是无奈之举。后期会发现永夜极地有着自动化机仆生产工厂在源源不断地生产机仆。终局任务里在武士的指示下主角会解救前两代在联邦失败的武士，在三名武士签下灭绝令后集结全帝国之里，最终占领工厂并改造成自动化物资生产厂。小镇物资得到极大丰富，威胁解除后重税和兵役也取消了；（联盟线里工厂被联盟飞行大队炸毁）
变革派帝国势力：变革派帝国势力的首领是二代的马蒂尔达，奇怪的是马蒂尔达在沙石镇的重大失败并没有被惩罚反而最近被指派为小镇的新镇长（获得二代帝国小队长的支持）。马蒂尔达在常年的卧底生活中思想发生了改变，真诚地希望小镇居民能生活的好。在地下遗迹利用在沙石镇的技术开发大面积的温室，提供丰富的食物。反对武士对居民的压迫。在武士&卧底势力两败俱伤后获得边境的控制权。终局时马蒂尔达向主角透露了自己没被处罚的秘密：在飞行器返回地球时发现了黑暗时代遗留在太空平台的天基武器平台。马蒂尔达将飞行器托付给主角，主角上太空后夺得了天基平台的控制权，驱散了帝国全境的乌云，使帝国天气恢复正常（也摧毁了自动化工厂，重税和兵役也取消了）。事后武器的遥控器由主角保管防止被滥用。
基本做到每条线都能和二代人物进行联动，整体下来能看到前代的影子同时也能完全不同的体验。