我记得都是死人啊，都是死的时候还有遗憾才进入的男主创立的世界，在这个世界里完成生前未了的遗憾就能转生，好像是这个意思

对了。男主的遗憾是还没实现自己救人的抱负(学医)就死于事故了，但是在死后世界里，他把所有人都送回了现实世界，也算“救人”了，所以他才能转生吧。我是这么理解的

……所有人都是死之前有遗憾才会死后回来到这个世界你这感觉压根没理清啊。
至于时间轴有点乱确实，不过你可以理解成这个世界只是个独立时空，不受自己死亡实际时间线前后的影响。因为奏要完成心愿，必须来到有男主的时空。但是奏当上学生会长肯定是因为来了很久了。
设定上bug确实有点多，后面人会变成npc，也有可能是人会从npc中醒来，最后的解释也有点牵强。
不过不影响AB是个好故事就是了。