然而一连串的治安恶化：变种人武装团体发动暴乱、双面人卷土重来等，使布鲁斯压抑不住内心想要再度化身为蝙蝠侠的渴望。他以50岁的高龄重出江湖，与新任罗宾——13岁少女卡丽·凯利和老搭档詹姆斯·戈登携手，再次面对种种邪恶势力的诡计，以及媒体、市民的质疑与不信任。

此时，超人克拉克·肯特选择了忠实听命于总统，当他受命前往高谭市捉拿蝙蝠侠时，布鲁斯必须面对与同是超级英雄的伙伴敌对的状况，以衰老而坚定的心智面对这个几乎永远不败的上帝之子。

在故事的结尾，变种人团体因为首领被打败而转向支持蝙蝠侠，老对手双面人和小丑也被打败。 因为立场的对立，超人与蝙蝠侠不得不展开大战。最终，蝙蝠侠服用可使人进入假死状态的药物掩人耳目，老管家阿尔弗雷德烧毁了韦恩家族的住宅和蝙蝠洞里的资料，蝙蝠侠与绿箭侠携手，教导改邪归正的变种人团体，继续守护高谭市的秩序。