然而，事态发展特别是和议反对者的持续批评，终于引起皇帝重视，致使几年来一直疏于朝政的万历皇帝不仅在七月二十六日上朝，朝毕还在皇极门暖阁召见阁臣商议应对之策。除在家养病的次辅王锡爵外，首辅申时行和次辅许国、王家屏均参与并重点讨论应变人选。万历帝与申时行先检讨相关督抚文臣，接着考虑将领、巡视监察人选，最后申时行提出推举经略大臣前去统筹应对。
当时君臣交谈情形，起居注官均有记录。但《起居注》是宫廷秘档，外间难得一见，且据申时行称后来毁于万历二十五年的三殿火灾，幸赖他“曩从阁中录得数条，藏之家”，后以《召对录》为名刊刻。兹摘录相关对话如下：

上又曰：“朕在九重之内，边上事不能悉知，卿等为朕股肱，宜常为朕用心分理。如今边备废弛不止陕西，或差有风力的科道，或九卿大臣前去，如军伍有该补足的，钱粮有该措处的，着一一整顿。《商书》云：‘事事有备无患。’趁如今收拾还好，往后大坏，愈难收拾了。”
时行等对：“当初许虏款贡，原为内修守备，外示羁縻，只为人情偷安，日渐废弛，所以三年阅视，或差科臣，或就差彼处巡按御史。”
上曰：“三年阅视是常差，如今要特差。”
时行等对：“臣等连日正在阁中商议，要推举大臣一员前去经略，且重其事权，使各边声势联络，庶便行事。容臣等撰拟传帖，恭请圣裁施行。”
上曰：“还拟两个来行。”
已复言款贡事，上称“皇考圣断”者再。
时行等言：“自俺答献逆求封，赖皇考神谟独断，许通款贡，已二十年，各边保全生灵何止百万？”
上曰：“款贡亦不可久恃，宋家之事可鉴。”
时行等对：“我朝与宋事不同，宋时中国弱，夷狄强，原是敌国。今北虏称臣纳款，中国之体自尊，但不可因而忘备耳。”
上曰：“虽是不同，然亦不可媚虏。虏酋心骄意大，岂有餍足之时。须是自家修整武备，保守封疆。”
时行对：“今日边事既未可轻于决战，又不可专于主抚，只是保守封疆，据险守隘，坚壁清野，使虏不得肆意侵掠，乃是万全之策。皇上庙谟弘远，边臣庶几有所持循。至于失事有大小，情罪有轻重。若失事本小而论罪过重，则边臣观望退缩，虏酋反得挟以为重，又非所以激励人心。自今尤望皇上宽文法，核功罪。”
上曰：“如今失事也不轻了。”

上文“款贡”一事指隆庆和议，故“已复言款贡事”之前是关于加强边备监督整顿的讨论，其后是对隆庆和议以来历史与现状的检讨。
值得注意的是，申时行所说“皇考”指隆庆皇帝，“圣断”指当年“款贡”是经隆庆皇帝同意的，由此确立与蒙古的和议关系。所谓“上称‘皇考圣断’者再”，是指万历皇帝仍延续明蒙和议。显然，申时行想强调，和议是经过两代皇帝认可的基本国策，即使发生洮河之变，也不会动摇。
当时是否有“上称‘皇考圣断’者再”的情节，笔者深表怀疑。一方面，这与随后万历帝“款贡亦不可久恃”、“媚虏”的担忧并不协调；另一方面，在日后申时行宣称起居注遭火灾被毁，只有自己保留了当初“从阁中录得”的记载，且主动刊刻公布出来，就显得更为可疑。

姑且搁置《召对录》的可信程度，仅就申时行选择在三殿火灾后将其刊刻公布看，笔者倾向于认为，这是他在新形势下刻意展示给政治对手看的文本，重在表明自己任首辅期间，尤其是在洮河之变后，始终坚持维护明蒙和议关系，并非一己独断专行，而是在贯彻隆庆、万历皇帝的一贯旨意。因此，经略大臣、阅视诸臣的人选和派遣，都要服务于这一考量。

姑且搁置《召对录》的可信程度，仅就申时行选择在三殿火灾后将其刊刻公布看，笔者倾向于认为，这是他在新形势下刻意展示给政治对手看的文本，重在表明自己任首辅期间，尤其是在洮河之变后，始终坚持维护明蒙和议关系，并非一己独断专行，而是在贯彻隆庆、万历皇帝的一贯旨意。因此，经略大臣、阅视诸臣的人选和派遣，都要服务于这一考量。

就在召见阁臣当日，兵部接到两道圣谕。其一称“西镇边备废弛，虏情狡诈，还用大臣一员前去经略，兵部便会同九卿科道官推举来看。其各边将帅，须要得人，也着会同推举堪用的，以备缓急”，接着申斥“近来督抚等官不能选用将材，平时牵制掣肘，不得展布，及至失事，又诿罪于他，殊失用人之体，今后须加意鼓舞”。显然，令兵部主持会推经略大臣才是重点。其二称“朕近览陕西督抚奏报虏情本，殊用惕然”，“今虏众猖獗，抢掠番族，侵逼内地”，而各督抚官“平时不能制驭，临时不能堵遏，职守何在？岂不隳误边事，大负委使！朕已宽其罪罚，姑令策励”，并令兵部“传与各边督镇官知道”。

从前述万历帝与申时行对话的执行情况，更易看出申时行在处理明蒙关系中的主导作用。申氏所提“推举大臣一员前去经略”很快被落实，七月三十日，“命兵部尚书郑洛兼都察院右都御史，经略陕西四镇，及宣、大、山西等处边务”。经略大臣人选同样也是申时行主导的结果，他在稍后写给宣大总督萧大亨信中说：“顷上惓惓面谕，欲特遣重臣经略，已推范溪(郑洛）矣。”其中明显具有误导性的，是申时行将自己主动提出的派遣经略大臣，说成万历皇帝的旨意。值得重视的是，这是明代内阁在缺乏行政权的情形下，阁臣通过假借皇帝权威来嵌入制度体系，从而间接对边镇督抚发号施令的权力运作方式。

万历皇帝提出加强对边备的监督和整顿，强调要“特差”“有风力的科道或九卿大臣前去”，并表示不要纳入常规的三年一次阅视框架。这些主张不仅进展拖沓，而且最后仍以阅视方式执行。实际派遣的阅视官人数虽然空前庞大，但看起来更像是应付皇帝的虚张声势。这显然也是申时行主导的结果，符合他强调的“失事本小而论罪过重”、“宽文法，核功罪”，他并不主张朝廷对边镇高阶文武官员施加太大压力，希望通过稳住他们从而稳定局势，以便配合特遣经略大臣解决事变善后工作。

申时行上述应对方略，可从他跟事变相关总督的书信中得到印证。他一再致信处在洮河之变最前线的陕西三边总督梅友松，告以应对之策：
洮州之失……彼既肆无忌惮，我当明示讨伐。惟是兵寡饷乏，未能制胜万全，将若之何？……今在西镇，第当声言出剿，一告虏王，一告套虏，以不得党助凶逆、自坏款贡之意，而令刘（承嗣）、张（臣）二总兵屯兵境上，相机图之。我既张之以声，示之以形，彼或惧而悔祸，虏王或亦有所藉手，且趁此机会，必令莽、捏二川无留虏帐，而后洮河之间稍得休息耳。
今后生大言，欲宣大出兵捣巢，殊孟浪可笑！火（落赤）、真（相）两小酋耳，猖狂横骛，已莫可如何，而欲尽废款贡，大开边隙，此可尝试而漫为之哉？今尚藉虏王气脉，操纵羁縻，从中运用，犹足幸目前之安，为阴雨之计耳。

申时行上述应对方略，可从他跟事变相关总督的书信中得到印证。他一再致信处在洮河之变最前线的陕西三边总督梅友松，告以应对之策：
洮州之失……彼既肆无忌惮，我当明示讨伐。惟是兵寡饷乏，未能制胜万全，将若之何？……今在西镇，第当声言出剿，一告虏王，一告套虏，以不得党助凶逆、自坏款贡之意，而令刘（承嗣）、张（臣）二总兵屯兵境上，相机图之。我既张之以声，示之以形，彼或惧而悔祸，虏王或亦有所藉手，且趁此机会，必令莽、捏二川无留虏帐，而后洮河之间稍得休息耳。
今后生大言，欲宣大出兵捣巢，殊孟浪可笑！火（落赤）、真（相）两小酋耳，猖狂横骛，已莫可如何，而欲尽废款贡，大开边隙，此可尝试而漫为之哉？今尚藉虏王气脉，操纵羁縻，从中运用，犹足幸目前之安，为阴雨之计耳。

从中可见申时行对当时明蒙格局的基本判断是，九边“兵寡饷乏”，明朝对蒙古没有“制胜万全”的可能，因此，“尽废款贡，大开边隙”是完全不可行的。但由于事变影响已扩大，并引发朝廷政治危机，只好由前线文武官员配合做些虚张声势的举动。同时，若能通过政治交涉推动顺义王向引起事变的火落赤、真相两股势力施压，后续或可采取小规模报复行动，趁机解除蒙古西迁对当地局势的威胁。
申时行同时致信位于事变之地东边的宣大总督萧大亨，希望他在尽可能稳住顺义王的前提下，推动顺义王对卷入洮河之变的西迁蒙古势力施压：“第西镇(陕西）向来处置，殊失先后着，此时茫无措手，故欲仰东镇(宣大）为之操纵，非得已也。”

在反复叮嘱梅友松稳住局面后，申时行致力于协调他与特派经略大臣郑洛间的关系，并谈到自己的考虑：
自崔直指（陕西[河西]巡按御史崔景荣——引者注）奏报虏情，云虏骑已至临洮城下，都中议论日繁，即关中士夫，亦谓虏必长驱深入，由临巩犯西凤，势如破竹耳。私心固疑之，以为果尔，则督府何以不急报？必道路之讹传也。然章疏纷纷，上心不能无动，以视朝之日，面谕阁臣，特遣大臣经略。初欲多差科道，鄙意谓后生……不如大臣习虏知兵，老成持重者，上意乃定。范溪（郑洛——引者注）昔在宣大，再与虏封，扯酋犹知敬信，此行当必使虏王刻日回巢。回巢之后，火、真等酋无所凭藉，我得整兵积饷，相机图之，此亦在门下始终担负，收功桑榆，勿以经略有人，自生疑阻也。洮河相拒，斩级虽不甚多，而我气自倍，虏气稍夺，总由大疏一至，以解群疑，宽主上西顾之虑。

信中先以巡按御史的奏报和“上心不能无动”向梅友松施压，随后抛出“特遣大臣经略”，表示自己为梅氏和经略大臣拦住皇帝“欲多差科道”的主张。然后，申氏告诫对方“勿以经略有人，自生疑阻”，敦促其积极配合即将到任的经略大臣。最后，催促对方按自己的提示尽快上疏“以解群疑”。
但申时行在致梅友松信中既淡化了对他的深度不满，也未将自己对局势的看法和盘托出。对此，他在致萧大亨信中谈得更透彻直白：
西镇事体，可为寒心！此弟之所深忧而未敢言者。缘新进少年，不谙虏情，不习边事，而但为大言，极诋贡市，而力主用兵。殆类痴人说梦者！弟亦为西镇督府（梅友松——引者注）言：此时当扬言必剿以为声，令刘（原陕西总兵革任随军立功刘承嗣——引者注）、张（甘肃总兵张臣——引者注）二帅屯兵境上以为形，而其实则未可轻试，未可先泄。总之，相机结局，令国体无损，疆事无坏，足矣。此可为知者道，难为众人言也。

为应对“章疏纷纷，上心不能无动”的危机，申时行令陕西文臣“扬言必剿”放出风声、武将“屯兵境上”虚张声势，但“其实则未可轻试，未可先泄”。他仍希望通过这些举措争取时间，稳住边方局面，平息京中舆论，稳定已有动摇的“上心”，顾全“疆事”、“国体”，从而“相机结局”事变。
申时行称赞自己荐举的经略大臣“习虏知兵，老成持重”，批评科道官员的用兵主张“孟浪可笑”、“不谙虏情，不习边事”，徒然“掣肘”。据此推测，快速派遣经略大臣、拖延派遣阅视官，是其刻意为之。对他来说，事情的理想走向是，在阅视官还未正式派出前，经略大臣就已经妥善处理善后工作。为此，内阁还采取包括暂停扯力克“市赏”在内的举措，以惩罚其“于西镇生事，党助凶逆，侵掠边境，显是背恩犯顺”。但这些举措的重点，仍是针对性地搪塞和议反对者，试图拖延时间，等待经略大臣处理事变善后问题。