传统方法:由于天然水蛭素存在于吸血水蛭唾液腺及其所分泌的唾液中,传统提取天然水蛭素的方法通常是采用日本医蛭头部或整体进行提取天然水蛭素。其常规提取方法是:以吸血水蛭的头部为原料,因为水蛭躯体中有较大量的结构与水蛭素相似,但无生物活性的“伪水蛭素”组分存在,它的存在将增加水蛭素分离的难度。

常觌提取方法是：以吸血水蛭的头部为原料，因为水蛭躯体中鸯释大量的结构与水蛭素类似，但无生物活性的“伪水蛭素”'组分存在，它的存在将增加水蛭素分离的难度。
利用水-丙酮混合剤萃取或经过乙醇分级沉淀，即得水蛭素粗制品溶液，然后采用层析法（如凝胶层析法、亲和层析法等)、等电聚蕉等方法提取天然水蛭素。

仿生诱导法，仿生诱导法即指用仿生诱导的对活体水蛭进行诱导，从而得到水蛭素的一种方法。它避免了传统方法対水蛭的一次性掠杀，既保护了水蛭的野生资源，又带动水蛭养殖业的发展，为水蛭素的产业化提供了理论基础。

由于天然水蛭素存在于吸血水蛭唾液腺及其所分泌的唾液中,传统提取天然水蛭素的方法通常是采用日本医蛭头部或整体进行提取天然水蛭素。