1. 增加隐性遗传病患者的频率：近亲通婚会使得有害的隐性等位基因有更多的相遇机会，并且产生遗传上的异常。根据专家估计，每个正常人身上可能携带有几个甚至十几个有害的隐性等位基因，近亲通婚会使得这些隐性等位基因有更多的相遇机会，并且产生遗传上的异常。
2. 增加多基因遗传病的发病率：近亲婚配不仅使后代患隐性遗传病的患者增多,而且一些多基因遗传病的发病率也增高。