6月2日6时9分，嫦娥六号着陆器和上升器组合体开始实施动力下降，7500牛变推力主发动机开机。期间，组合体进行快速姿态调整，逐渐接近月表。此后通过视觉自主避障系统进行障碍自动检测，利用可见光相机根据月面明暗选择大致安全点，在安全点上方100米处悬停，利用激光三维扫描进行精确拍照以检测月面障碍，最终选定着陆点，开始缓速垂直下降，即将到达月面时发动机关闭，利用缓冲系统保障组合体以自由落体方式到达月面，最终平稳着陆于月球背面南极-艾特肯盆地。
嫦娥六号任务实施人类首次月背采样返回，工程创新多，风险高，难度大，相比2020年实现月球正面采样返回的嫦娥五号任务，嫦娥六号任务突破了月球逆行轨道设计与控制技术，并将在鹊桥二号中继星的支持下，完成月背智能快速采样、月背起飞上升等关键技术节点。
嫦娥六号着陆器携带的有效载荷将按计划工作，开展科学探测任务。嫦娥六号任务国际载荷中欧空局月表负离子分析仪、法国月球氡气探测仪即将开机工作，意大利激光角反射器完成部署。
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