道之应化，宇宙本源
道教认为道生神，即道教的神灵均是道的创造和演化的结果。古灵宝经中将“灵宝自然天文”看作是“道”，因此“灵宝自然天文”就具备了创造各种神灵的功能。乃至宇宙天地与人均由“灵宝自然天文”所创造。《灵宝赤书五篇真文》的功能之一，便在于它能“开张万神”“开张万真”。
在《元始五老赤书玉篇真文天书经》中，通过元始天尊自称《灵宝赤书五篇真文》为“元始之玄根”，因而元始天尊实际上也是“灵宝自然天文”演化的结果。古灵宝经中认为“灵宝自然天文”既是最根本的道，又是“一炁”的凝结。作为虚无的“道”因为“垂迹应感”而生成了具有实有性质的“一”或“一气”，“一炁”因“垂迹应感”而成为元始天尊。“一”或“一气”一分为三，遂成玄、元、始“三气”，而洞真、洞玄、洞神“三洞经书”本质上就是玄、元、始“三气”的凝聚，天宝君、灵宝君、神宝君等“三宝君”则是“三气”“垂迹应感”的结果。也正是因为在道家哲学中“一气”具有与“道”作为同位概念的倾向，特别是在南北朝后期至隋唐时代，由于佛道二教矛盾走向激化，所以元始天尊才不断被赋予“道”的特性，并开始突出元始天尊作为宇宙本源的意义。

古灵宝经中形成了自己独特的宇宙观和天地生灭循环的劫运观。敦煌本《洞玄本行妙回”经》中说“天元轮转，劫劫改运。一成一败，一死一生，灭而不绝，而复明”。这反映的是劫运的循环往复。唐代李少微和薜幽栖注解《度人经》称“按天地一成一败，谓之一劫”，“夫每一劫运终，则三光幽暝，天地世界，混沌如初，道归本源”。
古灵宝经将宇宙世界的历史看成是龙汉、延康、赤明、开皇、上皇等五大劫运的循环往复的过程。元始天尊既是宇宙中的最高神灵，又曾以“无形长存之君”“无名之君”“元始天尊”等名号，“流演法教”“成就诸天”。“元始天尊”便是其开皇时期的名号。《道教义枢》中称元始天尊之体，常存不灭，每至天地初开，或在玉京之上，或在五方净土，授以秘道，谓之开劫度人。