教练员时期，于远伟在2009年进入济南业体，执教参加省运会的队伍。2012年至2020在山东鲁能泰山足校执教，2020至2023年在山东泰山足球俱乐部执教。曾带队在2010年获得山东省运会第三名，2015年带队获全国青少年男子足球U15联赛冠军，2016年出任中国U15国家选拔队主教练，2018年获得全国青少年足球锦标赛U15冠军，足协杯U15冠军、U15冠军杯冠军。2019年，于远伟带队获得全国U17青超总决赛冠军、U17足协杯冠军、U17冠军杯赛冠军。2022年，他带队获首届全国青少年联赛U19组冠军，2023年获U21联赛冠军。