医学上把疼痛分为12个等级，级别越高越痛苦。结石的疼痛一般会引起剧烈的肾绞痛，痛的都直不起腰，这个是内脏痛，一般是属于第11级。
通常情况下，大约四分之三的肾结石患者有腰痛。结石较大，在肾孟中移动度较小时疼痛多为钝痛，有时是隐痛。
结石小，在肾孟内移动度大时容易引起肾孟输尿管连接部的梗阻而出现肾绞痛。肾绞痛是一种突然发生的严重疼痛，从腰部开始沿输尿管向下放射至膀胱。疼痛呈阵发性，一般持续数分钟，也可能会长达数小时，并有恶心呕吐的情况，有时病人面色苍白，大汗淋漓呈虚脱状态。