选择本尊的方法有多种,一是请师长抉择,二是投花,三是依靠自身喜乐与需求而决定。
请师长抉择,即师长观察弟子脾气习性、根器高下等而予以选择。如慈悲心不足,令修观音;智慧不足,令修文殊;居家事务繁多,不能勤持斋戒,令修如意轮、准提等。
投花,即以灌顶时投花所中为修行本尊。如五方如来,金刚萨埵-普贤,金刚爱-爱染明王,金刚宝-虚空藏,金刚幢-地藏,金刚法-观音,金刚利-文殊,金刚因-弥勒,金刚牙-金刚夜叉明王,等。若投花所中非常见本尊, 如四波罗蜜、八供四摄,可寻其归属部类而选择。
自身喜乐与需求,如对某一尊特别有信心与喜爱,可以修持此尊;如身体多病,可修药师、孔雀;如年老体衰,可修弥陀;如求福慧具足,可修虚空藏。
本尊又可分为长期之本尊与临时之本尊。长期,即为开悟证果、解脱轮回而修之本尊。此类必须为佛、菩萨、明王,即智慧尊。长期本尊最好是本人投花所中,是宿世因缘之示现,应尽量日日修持不辍,精研观行, 以保“有个把握”。临时之本尊,同于上述“依自身需求所选择本尊”,修持一七至七七日,乃至百日、千日,愿求满足则停止,故名临时本尊。
又有为利益众生而修事业尊法,成就四种、六种事业。此时可以靠长期本尊,也可另择如观音、不动、八字文殊等“包治百病”类本尊。
又有为守护道场安稳、弘法资财丰足而修护法尊,应选择如摩利支天、 毗沙门天、吉祥天、辩才天、大黑天等安全可靠之大神。刁钻古怪类,若无十分把握与可靠教授,最好避开。