首先，从生长环境来看，海水珍珠生长在海洋环境中，通常受到更复杂多变的海洋生态影响；而淡水珍珠则产自淡水水域，如河流、湖泊等，生长环境相对较为稳定。
在外观方面，海水珍珠的形状往往更加圆润，因为海洋的水流和环境促使其形成较为规则的外形。而淡水珍珠的形状则更加多样，可能有圆形、椭圆形、扁圆形等。
在色泽上，海水珍珠的颜色较为丰富，如金色、黑色、白色等，且光泽度较高，有一种深邃而迷人的魅力。淡水珍珠的颜色也不少，常见的有白色、粉色等，但其光泽相对较为柔和。
此外，价格也是两者的一大区别。由于海水珍珠的生长环境更为苛刻，培育难度较大，因此其价格通常高于淡水珍珠。