日本所使用的软件大多数在日本自己开发的retas系列，当然也有使用国际流行的AE,PR之类。而且，目前越来越多的日本动画企业开始倾向使用AE.
至于你说的中国和日本动画不一样的问题，请允许我引用曾经我对别人的回答来解释这个问题。
"本质区别？你觉的对动画来说，什么是本质区别？
抛开内容不谈，就是所谓的画面吧？
动画的原理，就是人肉眼不能分辨1/24秒之间的画面，所以如果以每秒24张的画面连续播放静止画面的话，人的大脑会产生错觉的把24张画面连在一起产生一个连续的印象，电影也好，动画也好，都是基于这个原理诞生的。
所以，制作动画，理论上每秒钟要画24张画。请考虑一下做一部2小时的动画电影，所需要画的张数。迪斯尼的动画电影和早期的动画片如猫和老鼠，都是每秒24张播放的，也叫1拍1。
当然，因为这个数字太庞大了，所以在商业动画片中，并没有达到这个数字，事实上，日本动画片的每秒张数为12张，也就是每2/24秒转换一张，业内称1拍2，
1拍2的动作对于外行人来说，会觉的稍微有些僵硬，可是日本动画有着很适合的分镜头方式和画面处理。使得着1拍2的动作看起来也很流畅。而这样，他就节约了一半的成本。
而中国，因为成本的原因，制片人都是强制要求1拍3的比较多，甚至很多时候出现1拍4，1拍5的情况。也就是每秒画面最多8张，甚至6张，5张半，而且不经过任何镜头处理，只是单纯的减少张数，而不是从分镜头进行修改，这直接造成了画面看起来动作僵硬，像幻灯片。
日本其实是最吝惜动画张数的，因为那直接关系成本，但是，日本在处理一个镜头的时候，如果想减少动画张数，他会从分镜头角度开始改，让新的分镜头可以不需要那么多张就达到想要的效果，所以是在不损失画面效果的情况下，减少了动画张数，而中国，我见到很多次了，因为掏钱的老板是完全不懂行的，所以他在认为动画张数太多的时候，会随机挑选镜头，直接命令减少张数，可是有些镜头就需要那么多张的动画，少了就没法看了，那他不管，他不会改分镜头，只是在原分镜头动作上直接减少张数，造成了动作的僵硬。