⒈优秀生源流失较为严重。 在博士教育战略地位空前提高的背景下,国际间对优秀博士生源的竞争日趋激烈。美国奥巴马政府承诺进一步改革签证制度以吸引世界最优秀的人才到美国学习和研究。以2006年为例,美国授予的哲学博士学位中留学生占到了35%,其中自然科学领域留学生的比例高达51%,工程科学领域留学生的比例高达64%。在当年美国所授予的45596名博士中,有4774名来自中国大陆,占10.5%。欧盟国家也在采取种种措施,大量吸引外国的优秀留学生。面对发达国家对优秀博士生源的全球性竞争,我国要留住大批优秀生源,进一步提升博士质量,压力空前。
⒉创新能力与世界高等教育强国比还有一些差距。 无论从问卷调查还是对学位论文的评价来看,创新能力不足是我国博士生培养质量中比较突出的一个问题。调查结果显示,博士生导师认为博士生创新能力“较高”、“一般”和“较低”的比例分别为29.7%、62.7%和7.6%,在所有9项指标中列第八位。许多专家指出,原始创新不足是我国博士论文与世界一流大学博士论文的最大差距。
⒊少数博士培养单位对博士论文质量把关不严。 部分博士学位论文选题较为空泛、文献综述分析评论不足、论文表述的严谨性、论证的逻辑性不强。同时,也存在个别博士培养单位在论文评审中把关不严的问题,在国务院学位办开展的博士学位论文质量抽查工作中,有的论文同时被两位专家评为“D”档（较差）。
⒋博士研究生教育的制度创新需要进一步加强。 30年来,我国在招生录取、导师指导、培养方式、质量保障等博士研究生教育的制度建设方面积累了许多宝贵的经验。但是,在知识生产模式转型、人才竞争日趋激烈的国际大背景下,对导师资格、导师指导方式、资助方式、淘汰制等方面的制度改革还需进一步加强。