第二乐章《情殇》
该乐章分为「旧苑寻梦」、「雨迹云踪」、「红颜憔悴」、「寸肠千断」和「魂归冥漠」五个乐段，选用低音大笛来表现深沉内敛的乐思。不久，杜丽娘再次回到旧苑游玩，放眼望去，满园荒芜、往事如烟，旧梦难圆、令人伤感。萧瑟中，往日梦中欢会的雨迹云踪变成了一串不连贯的零星片段，不时在心海浮现……此处笛子转为降B调筒音做Mi演奏，把杜丽娘红颜憔悴、哀恸颤抖的激越之情形象地描绘出来。她芳心宛转、黯然悬泪，苦苦思恋着梦中情人，然而梦中幻景终究无法还原，不禁令人肝肠寸断，最后情伤而死。这时，一阵阴风带走了她的缈缈香魂，彷佛是杜丽娘的幽幽情丝缓缓飞向了遥远的天际……此处竹笛模拟旦角的小嗓拖腔，以风声和虚吹吹孔模拟的叹息声，揭示了魂归冥漠的无奈之情。

第三乐章《拾画》
该乐章分为「梦梅赏春」、「拾书惊艳」、「书馆玩真」、「盈盈欲下」四个乐段，以D调曲笛演奏。柳梦梅进京赶考，客居杜府旧苑。赏春之余无意中拾到杜丽娘生前放入园中的自画像。他将画像悬在自己的书斋中展玩欣赏，画中美丽的姿容使他倾倒，不禁击节赞叹、忘情不已。惊喜之余，彷佛杜丽娘从画中飘然而下，使得梦梅热血沸腾、心潮陡涨。全曲以活泼、俏皮的音乐语言，惟妙惟肖地勾划出一位年轻书生的呆憨之态。


第四乐章《冥誓》
该乐章分为「书斋风影」、「游魂情诉」、「梦里巫峡」、「海誓山盟」、「风动灵衣」五个乐段，乐曲改以低音大笛演奏。静夜，梦梅书斋夜读。一阵阴风忽起，杜丽娘的游魂前来敲门幽会。人鬼相见，乍惊乍喜，尽诉相思与爱慕之情。随后，他们焚香共拜，对天地发出了「生同室、死同**不心齐、寿随香灭」的盟誓。这时音乐情绪激昂坚定，层层高涨的音型表达了丽娘与梦梅对爱情的坚贞不渝和一往无前的气势和决心。
此处笛子以虚吹吹孔和舌打音配合手指敲击笛身，营造了杜丽娘出现的场景。以哨笛音、笛声与埙的唱和，描写人鬼相会、乍惊乍喜，倾诉彼此的思慕与爱恋之情的场景；哨笛的变化音表现了鬼向人诉说情感，模拟了鬼在哭泣、说话的效果，而连续模进的滑音与指揉音，则造成魂魄飘渺、幽冥阴森的感觉，使该乐段充满幽怨阴森的气氛。然而，人鬼情未了，人与鬼之间并无界线，只要懂得用心灵去沟通，情感仍会相通。大笛深情的告白与坚定的情绪，是男女主角的誓言，更是他们的决心。乐章最后，笛子由高到低慢慢滑落，彷佛倏然梦醒，杜丽娘的香魂飘然而去。

第五乐章《还魂》
该乐章分为「金榜题名」、「金殿册封」和「尾声」几个乐段，以D调笛悠远绵长、华丽流畅的旋律演奏，乐队的情绪爽朗明快，全曲一气呵成。此章略去了原剧后半部展示的复杂情节，也没有去描写丽娘如何还魂返阳的场面，只撷取了梦梅金榜题名之日，爱的精诚感天动地，促使丽娘还魂返阳，被皇帝册封为「阳和县君」的情节作为大团圆。于是，作曲家创作了一首一气呵成的快板乐章。笛子的旋律流利顺畅、华美飘逸，乐队的情绪则爽朗明快，集中地展现出了欢庆热烈的场面和爱情的无限欢悦。

值得一提的是，笛子协奏曲《牡丹亭组曲》不同于描写一般悲欢离合的爱情故事，因为它具有阴阳交错的不同时空和人鬼交往的特殊场景，在情感处理上是很难表现的。
中国竹笛由于音区较窄的先天局限，使作曲家与演奏者的表现空间受到一定程度的影响。尽管演奏家的水平有所提升，乐器的改革使音区有所扩大，然而笛膜的震动性，使笛子的高低音区之间多少存在着音色不统一的问题。尽管高水平的演奏家可以掌握达到三个八度的音区，但是一般说来，笛子的高音区，音色较扁，笛膜共振过于刺耳，只能作为色彩性的装饰，偶尔为之。而竹笛的低音区，尽管音色浑厚甜美，但存在着发音反应较迟钝的障碍。因此，尽管五十多年来竹笛的发展，积累了上千首作品，但是性质雷同的曲目毕竟占大多数。五分钟左右的曲目较为常见，超过十分钟、不让人分心或昏昏欲睡的可说是凤毛麟角。
对《牡丹亭组曲》这样一首时长30分钟的笛子协奏曲，不仅对作曲者是项挑战，对演奏者的诠释能力更是个苛刻的考验。作曲家吴华在该曲创作上所表现出来的深厚功力、笛子大师俞逊发在该曲演奏中所展示出来的高超技巧，音乐爱好者们都是有目共睹的。这首作曲家与演奏家通力合作的呕心沥血之作，为竹笛的表现力与创作形式开辟了一条可能的道路。这是一首难得一见的成功的大型笛子协奏曲