天保十三年（1842年），冲田总司出生于江户，幼名冲田宗次郎。父亲冲田胜次郎是白河藩阿部正备的家臣。 
总司十岁时，便跟近藤周助学习天然理心流剑术。并且由于天资聪颖，最早获得了天然理心流的真传，后来可以说是新撰组第一高手。跟斋藤一一样，总司的剑法偏重于刺突。他的绝招名为“无明剑”，是以三段突刺为攻击手段的剑术：先以“平晴眼”起势，然后以极快的速度踏前并向对手刺突攻击，连续刺突三次，一气呵成。 
文久三年（1863年），总司与近藤勇、土方岁三等试卫馆一门加盟进京浪士组，并一同留在了京都。新撰组成立后，总司担任了组里的剑术教练，并兼任一番队队长。 
元治元年（1864年）六月五日，池田屋事件爆发。在池田屋一战中，总司斩杀了长州藩维新派重要人物吉田稔麿跟肥后的松田重助。当新撰组正准备凯旋回邸时，总司突然吐血昏倒。此后，总司便开始长年与病魔缠斗。 
庆应四年（1868年），戊辰战争爆发。伏见鸟羽一战后，新撰组随幕府败走江户。由于长年的肺结核病，重病在身的冲田总司在植木屋平五郎宅中疗养。同年五月二十九日夜，总司梦到一只黑猫，并在梦中将此一黑猫斩杀。第二日，总司便撒手人寰，去世时只有二十六岁。 
历史上的新撰组成立于文久三年（西元1863年），在政局最动荡的7年中，这个日本历史上最强的剑客集团试图为德川幕府力挽狂澜，甚至成功地利用池田屋事变使明治维新的到来推迟了整整一年。高举红色“诚”字山纹旗，身穿浅蓝色羽织的新撰组，以其凌厉残酷的剿灭志士的行动和严格到近乎残忍的法度，被当时的百姓冠以“壬生狼”的名号。新撰组的存在阻碍了历史发展的车轮，所以，不可质疑的是新撰组最后面对的只能是毁灭。因此，就有人说新撰组的存在本身就是一个错误，但是无论如何，生活在那样一个时代，不是近藤勇，土方岁三以及冲田总司可以选择的，他们只是为了自己的信念而战斗，甚至杀戮。因此，就他们本身来说是没有错与对的，要错也只能是那个时代的错误，但是错误的时代却铸就了一群伟大的剑客。