在反赌扫黑过程中，被查涉案的俱乐部多达10多家，但如果全部严格处罚，本就虚弱的中国足球很可能元气大伤。因此，中国足协对涉案俱乐部进行了分类，操纵比赛和打假球的上海申花、天津泰达和延边3家俱乐部属于“罪大恶极”一类。中国足协决定对其扣除积分的同时，处以50万元左右的罚款，上海申花在2003年获得的甲A联赛冠军荣誉将被收回。处罚方案不再考虑球队变更投资人以及甲A与中超是两个不同联赛的问题，而是由队伍沿袭者背负扣除积分的处罚。至于山东鲁能这类在庭审时被反复提及，却未被查实形成结果的俱乐部很可能将免于处罚。