由于奏折所涉事情多系国家机密,所以奏折的保密性是非常突出的。不能保密,就不要上奏折,保密是书写奏折的前提条件。为了保证奏折的内容不致泄漏,清廷定立了一整套保密制度,使奏折制度更加完善起来:1、撰写人须亲自书写,一般不许他人代笔,写成后不得外传,否则治罪。2、由宫中制作皮匣,配备锁钥,发给具奏官员,专门用作储藏和传递奏折。3、督抚以上大员的折子,派专人送到大内乾清门,交内奏事处,直达御前,而不像题本交通政使司转呈;一般官员的折子,亦差专人送到雍正指定的亲信大臣处,由他们代呈,代交人当然无权知道折子的内容。雍正帝阅毕,作了朱批,折子由原渠道发回。4、收回朱批奏折。康熙在位期间,奏折御批发还具奏人后,尚无缴还内廷的规定。雍正一登基,便下令内外臣子将朱批奏折全部查收呈缴。不但前朝奏折需交回,嗣后朱批发还本人看过之后,即需交回。由于实行了缴本制度,不但有效地防止了泄密事件发生,而且为后来保存了丰富的史料。5、加强军机处的保密工作。规定:皇帝召见军机大臣时,太监不得在侧;每日承领事件人员,未到传领时间不得进入军机值房;严禁各衙门人员在军机值房台阶外及附近处所站立窃听;即使是高级的王公大臣,非奉特旨,也不准进入;自王以下文武满汉大臣,都不准到军机处找人谈话。同时规定各章京在工作中严格执行交接制度,做到手续慎密完备。特别是文书收发登记,必画押存查;个人承办的事情,均不许任意喧泄;不经由自己办理的事情,绝不许过问;撰写寄信谕旨,办理朱批奏折,都得在办公房办理;凡办理机密事件时,军机大臣指交一二章京承旨,在军机堂上缮写后,要将底稿押封存记,俟查办之事办完后再行拆封登档。如有泄漏,缮写文件的章京要受到很重的处分。