在时间不明，地点不明的平行世界里。由于一次剧烈的地壳运动，原本沉睡在地底的怪兽逐渐苏醒，向人类社会进发。
怪兽出现次数不算过于频繁，但是人类通过对怪兽出现的历史记录用泊松方程式计算出X城可能含有怪兽出现的根源，于是纠集全国的高端科研人员在X城的山区进行了地球望远镜计划，向地下深挖，期冀找到怪兽出现的原因。
然而计划在进行时出现了失误，人们破坏了地底的核心，导致地底一股强烈的力量即将喷涌而出。为了压制这种力量，主研究员A制造了一枚芯片，移植到了读高二的儿子B的身上，并做下了周密的部署。从此B再不能离开H城半步。
另一方面，团队内部决定隐瞒这次失误，他们向上级报告，怪兽出现是因为地底核心遭到破坏，强烈的放射性能量是怪兽出现。于是全国开始寻找能够使地底核心恢复原状的H物质。
某次，怪兽再一次在X城地底出现，人们击倒怪兽后，意外在怪兽尸体上发现了H物质的踪迹。于是他们开始在X城周围广泛地挖洞，结果引得更多怪兽苏醒，很多下洞的人再也没有回来。主研究员便决定操纵怪兽的脑电波，让怪兽自己把地底的土壤翻上来。（当人类与H物质的距离大于500米时就检测不到它）
与此同时，主研究员还在秘密研究一个名为“奥特曼”的武器，但军方根本不吃他这一套。为了证明自己，他在下一次怪兽出现时自己变成了奥特曼，虽然打倒了怪兽，自己也因为体力不支而死。
临死前，他把奥特曼交给了自己的儿子，并把一切都告知给了他。
B开始用父亲的装备操纵怪兽脑电波，寻找H物质。
一晃很多年过去了，B长大了，X城的怪兽出现地更频繁了。某日，B眼前突然出现了一个机器人，机器人将他击倒，将一枚金属针刺入了B的体内。
在恍惚间，B知道了这个机器人存在的意义：当人造的芯片能效即将失效时，机器人会出现并激活芯片。而只有当B的体能被激发到极限时，芯片才能够从他体内显现出来。
一阵黑暗之后，B醒了过来。
他回到了自己高二的时候，但是现在的他已经不是真正的他了。他有了新的身份C，有了新的住宅：父亲的研究院，并有了新的任务：继续操纵怪兽，直到找到H物质。并在每一次操纵怪兽后，将怪兽出现的地点录入到芯片中。
他把奥特曼装入了书包，以一名转校生的名义来到了学校。等到时机允许的时候，他让怪兽出现，在发现没有H物质时，他决定变身消灭怪兽。
然而，奥特曼和被激活的芯片不兼容，变身失败了。
无奈，他只好把变身器交给了当时、体内有着未激活芯片的废柴的自己。
当时A虽然已经对未来的循环做了周密部署，但是还不知道自己的“奥特曼”会要了自己的命，在通过与C的交谈后他中止了“奥特曼”的研发。可是在某一天“奥特曼”的半成品却突然失窃了……（@向着明天的飞翔 ，交给你了）
被激活的芯片会以拥有者的生命作为能量来源，而当人的生命被芯片吸收完毕后死去会很惨。所以C故意留下马脚，让B知道是他操纵了怪兽，并牵引B杀死了自己。
此时，政府见找不到H物质，而且在地底全灭怪兽十分不现实，所以决定利用地球望远镜挖的洞穴向地底喷射大剂量致幻性催眠气体（对人类无害，不会污染地下水），地球恢复了暂时的和平。
于是B怀着深深的疑惑继续了人生路。
令人始料未及的是，在B25岁那年，8年前被地底核心缺口放射能引来的宇宙人来到了地球，并化作政府科研人员，唤醒了地底的怪兽们。
为了对抗地底怪兽，政府组织了RACA（Rescue And Combat Army）。一面对抗怪兽，一面寻找怪兽复活的根源。最终他们发现了潜藏在自己内部的宇宙人，并利用宇宙人的科技永久地使怪兽们沉睡了下去。
本以为一切都结束的B，却在某一天突然遇到了一个巨大的机器人。为了对抗破坏他的世界的机器人，B变身为奥特曼与其战斗，但是失败了。
战败的B感觉机器人把什么东西刺入了自己的体内，瞬间陷入了一片漆黑。
恍惚间他知道了一切，并得到了上一个芯片里记录已出现怪兽方位的数据。
醒来的B，发现自己回到了高二的时候……
这是大体的梗概……对于B本人还有如下安排：
校园阶段有一个主线就是废柴成长记，一个拥有足够的力量但是不敢使用它向欺负自己的人反击的改变。还有一点就是改变前的B有个妹子，但是当B硬起来之后那个妹子就离开他了。理由可以是什么我只喜欢之前那个单纯的你什么的。
战队阶段的主线也和妹子有关。很久以后B又和妹子相逢了，妹子也重新和B有了火花。然而妹子的家长为了安全让妹子离开X城，B则坚守自己的职责留在X城，两个人再次成为两条平行线。
这篇文讲的就是被重复了无数次的、其中一次循环的故事。