1918年11月8日，毕苏斯基和他的同僚卡齐米日·索斯恩科夫斯基被德国人从马格德堡释放，不久，他们和之前的列宁一样，被安排在驶往他们国家首都的私人火车上，因为走投无路的德国人希望毕苏斯基组建一支对他们友好的部队。

1918年11月11日，毕苏斯基被摄政委员会任命为波军总司令，并被委以为这个新生国家建立国家政府的重任。那一天（后来这一天成了波兰独立日），他宣布波兰独立。
同样是这一周，毕苏斯基在德国驻军从华沙撤军，德军其他部队从“东线德军总司令部”撤军的问题上进行协商。至少55000名德军会和平地离开波兰，并将他们的武器留给波兰人。下个月，共有至少500000人离开了波兰。
1918年11月14日，政府要求毕苏斯基临时管理国家的运作。11月22日，他从延杰伊·莫拉切夫斯基的新政府那里，得到了新生波兰的临时国家元首（Naczelnik Państwa）的头衔。
波兰各个军事组织和临时政府（华沙摄政委员会；伊格纳奇·达申斯基的卢布林政府；和克拉科夫的波兰清算委员会）都听从毕苏斯基，而他也开始成立新的联合政府。这个政府中社会主义者占多数，并且波兰社会党展开了多项改革，譬如八小时工作制、免费教育、和女性选举权等，这些改革从长远看尤为重要。这对于避免重大暴乱事件来说，必不可少。

但是，毕苏斯基相信，身为一国首脑，他的立场必须要超越党派政治。抵达华沙后，他遇到了地下岁月中的老同事，这些老同志以社会主义的方式称他为“同志”（“Towarzysz”），并要他支持他们的革命政策；但这遭到了他的拒绝，他还说：“同志们，我与你们一同搭乘社会主义的红色电车，我在一个称作‘独立’的站点下车，而你们也许会继续坐在车上，直到电车抵达你们希望的那个终点站，但是从现在开始，让我们称呼彼此为‘先生’吧（而宁可不用社会主义者之间的称呼‘同志’）！” 他减少对任何一党的支持，并且不成立任何属于他自己的政治团体；相反，他主张成立联合政府。他也开始组建不包含在德国、俄国和奥地利军队服过役的波兰老兵的波兰军队。
一战后不久的日子里，毕苏斯基试图在这么一个百废待兴的国家上建立一个政府。俄属波兰大部分地区都在战争中被夷为平地，而德意志人彻底的掠夺又让这个地区的财富减少了至少10%。一位在1919年1月来到华沙的英国外交官这么写道：“每时每刻出现在人们眼中的的那种极度悲惨贫穷，是我之前在任何第个地方都看不到的。”
另外，从前德意志、奥地利和俄罗斯在各自的波兰领地建立迥异的法律系统、经济制度和政府体制，而这些制度需要统一。这个地方有九种法律体系，五种货币，66种铁路系统（以及165种火车头型号），这些也都亟待统一。

波乌联军在毕苏斯基领导下，发动了针对驻乌俄军的一次成功进攻。1920年5月7日，他们在极少遭遇冲突的情况下占领了基辅。布尔什维克的领导层将波兰的行为看做是叛乱事件；作为回应，布尔什维克有成千上万名官员参军，成千上万名逃兵归队，成千上万名平民自愿参与战后生产工作。苏联从白俄罗斯发起反攻，在乌克兰发动反击，从通往德国的道路上向波兰进军，这样做也能够支持德国共产党的夺权斗争。苏联信心倍增。苏军公布了他们入侵西欧的计划；苏联共产主义理论家布哈林在《真理报》中称，希望得到物资以将战争从华沙“蔓延至伦敦和巴黎”。苏联将军图哈切夫斯基在1920年7月2日的命令中称：“向西去吧！越过躺在路上的白波兰的尸体，将革命蔓延到全世界。进军维尔纽斯、明斯克、华沙” 并称，“要跨过波兰的遗体，向柏林进军！”

协约国迫使波兰向布尔什维克投降，进行谈判。

但是毕苏斯基坚持主张继续战争。诺曼·戴维斯当时指出，“毕苏斯基还没有他后来的威信（在波兰以外更是如此），作为战前的革命派，他让他的党派走向分裂，争吵不断；作为一战时的将军，他让他的军团遭到逮捕，被迫解散；作为波军元帅，他将自己的军队带到基辅和维尔纽斯，这两个地方现在又不再属于波兰人。他背叛了他的波兰社会党和他的盟友德国和奥地利，并拒绝与协约国同盟。在法国和英国，他被认为是频频叛变的盟友，将会让波兰走向灭亡；在俄罗斯，他被认为是消灭帝国主义同盟中虚伪的仆人；从列宁到劳合·乔治，从《真理报》到《晨星报》，都认为他是军事上和政治上的失败者。1920年8月，所有人都同意，他的悲剧一生将会在华沙陷落时跌落谷底。”

毕苏斯基的计划是要波军撤过维斯瓦河，据守华沙和维普日河的桥头堡，大约四分之一可动用的师在南面集结，以作战略反击的准备。下面的计划就需要将军约瑟夫·哈勒尔麾下的两个军了，在苏军从东面发起进攻时，这两个军需要不惜一切代价保卫他们的战壕阵地。同时，瓦迪斯瓦夫·西科尔斯基将军麾下的军队袭击华沙北部，切断企图从此地包围波兰首都的苏军。但是最重要的角色是新近整编的“后备军”（也称为攻击兵团，波兰语：Grupa Uderzeniowa），这支军队规模较小，只有20000人，却容纳意志最坚定且战斗力最强的士兵，并由毕苏斯基亲自指挥。他们的任务是带头从华沙城南的维斯瓦河-维普日河三角洲向北发动快速反攻，另外波兰情报人员指出苏军西部方面军和西南方面军之间存在缺口，而攻击军团也会突破这个缺口。这次攻势会切断西部方面军的后援，并打乱它的活动。最后，西科尔斯基的军队和“攻击军团”在东普鲁士边境会合，将陷入包围圈中的苏军消灭。

那时，毕苏斯基的计划广受批评，波军其他指挥官只因当时战况紧急才遵照此计划作战。这个计划虽然是基于可靠情报（还包括被解密的苏联电报）指定的，但还是被高级军官和军事专家认为是“门外汉所为”，他们很快指出毕苏斯基缺少正规军事教育。该计划的副本落入苏军手中时，苏军将领图哈切夫斯基却认为这是个诡计，不理会它。几天后，自负的苏军为此在华沙战役中付出巨大代价，而这场战役也成为苏联红军史上的最大失利之一。

一位民族民主党瑟姆议员斯坦尼斯瓦夫·斯特隆斯基创造了短语“维斯瓦河奇迹”（“Cud nad Wisłą”），以表达他对毕苏斯基“乌克兰冒险”的反对。斯特隆斯基的这个短语被一些或爱国或虔诚的波兰人用作对毕苏斯基的赞辞，他们并未注意到斯特隆斯基隐含在其中的讽喻意义。法国军事使节团的一位年轻成员戴高乐后来会用到从波苏战争和毕苏斯基习得的一些经验。
1921年2月，毕苏斯基访问巴黎，在那里他与法国总统亚历山大·米勒兰谈判，以将成立法波同盟一事确定下来，而这一同盟将在同一年晚些时候正式建立。象征波苏战争结束的里加条约在1921年签署，条约规定俄罗斯和波兰将瓜分白俄罗斯和乌克兰。毕苏斯基称这份条约是“懦弱条约”。 另外，毕苏斯基准许将军卢茨扬·热利戈夫斯基从立陶宛人手中夺下维尔纽斯，这件事和里加条约为毕苏斯基将“海间联邦”计划付诸实践之行动画上句号。
1921年9月25日，毕苏斯基因第一届东方商品交易会（Targi Wschodnie）开张而访问利沃夫，而代表乌克兰军事组织等乌克兰独立组织的斯捷潘·菲达克试图在这时暗杀毕苏斯基，但这个计划以失败告终。

毕苏斯基没有推行任何重大改革；他很快疏远他左翼支持者中的最激进派，并宣布他的政变是“没有改革的革命。”他的目标是令国家安定，消除他所认为的又腐败又无能的政党的影响力，并加强军队实力。

随着1930年波兰立法选举前对某些异见者的监禁和审判（参见布列斯特审判）和1934年贝雷扎-卡尔图斯卡隔离营（位于今比亚罗扎）的建立（那里的囚犯遭遇残酷的虐待），毕苏斯基专制而高于法律的权力在1930年代达到巅峰。在政府合作无党派集团于1930年获胜后，毕苏斯基将国内事务推给他的上校团，而自己则专心于军事和外交上。 他因他对政治反对派的处置遭到相当大的非议，而布列斯特审判事件（1930年对持不同政见者的监禁和审判）遭到国际谴责，并使波兰声誉受到损害。

但是，相较于理性-法律权威而言，毕苏斯基统治波兰更依靠魅力型权威。他的追随者中没有人会自称是他的合法继承人，他死后，萨那茨亚政体将会很快崩溃，而波兰将回到前毕苏斯基时代的议会政治竞争状态中。

1930年代，因为一系列事件的发生，政府与少数民族的关系恶化，这些事件包括大萧条和由“乌克兰民族主义组织”的恐怖袭击与政府的绥靖行动所构成的恶性循环。少数民族的动乱也与波兰的外交政策有关。在东加利西亚动乱（当地人口以乌克兰人为主）遭到镇压，近1800人遭到逮捕后，麻烦接踵而至。政府与德意志人之间也开始出现摩擦，这种摩擦在上西里西亚地区尤为显著。虽然政府还没到推行反犹政策的地步，但是犹太人（占波兰人口的8.6%）开始对因大萧条所造成的经济颓势不满。总之，到毕苏斯基本人去世前为止，他的政府与少数民族之间的关系越来越成问题。
军事方面，毕苏斯基虽在策划“维斯瓦河奇迹”时显露出睿智军事战略家的风范，但因专心于人事管理，忽视军事战略和装备而遭到一些人的批评。他在波苏战争（1919年-1921年）的经验也许令他高估了骑兵的价值，忽视了对装甲兵和空军的发展。但是也有人称，毕苏斯基支持空军和装甲兵的建设，自1920年代末便更是如此。这个时候波兰军队的现代化受到限制可能是因为资金短缺，而不是因为毕苏斯基的理念有问题。

在毕苏斯基的统治下，波兰与邻国罗马尼亚、匈牙利和拉脱维亚维持良好关系，但与捷克斯洛伐克关系紧张，与立陶宛的关系也依旧不见好转。波兰与魏玛共和国和苏联的关系则多变化，但就毕苏斯基的统治时期而言，大部分时间还是能够称为是中立的。
毕苏斯基制定了普罗米修斯计划，这个计划通过支持俄罗斯帝国（或其继承者苏联）境内的非俄罗斯民族分离活动，来达到削弱上述两国的目的。自1927年至1939年二战爆发前，负责协调此计划的人是军事情报官埃德蒙德·哈拉什凯维奇。战间期时，普罗米修斯运动实效寥寥。毕苏斯基希望在国际上保持自己国家的独立性。他在他的门徒外交部长约瑟夫·贝克的协助下，与法国和英国这样的西方势力以及罗马尼亚和匈牙利这样实力较弱的友好邻邦结盟，以此为波兰寻求帮助。

作为法波联盟和波罗联盟（小协约国的一环）的支持者，毕苏斯基为法国和英国在签署洛迦诺条约时显而易见的绥靖政策感到失望。 毕苏斯基因此也致力于与苏联和德国保持良好关系；故毕苏斯基与上述两大强邻签署互不侵犯条约，分别是1932年的苏波互不侵犯条约和1934年的德波互不侵犯条约。签署这两份条约的目的是加强波兰在其盟友与邻国眼中的地位。
毕苏斯基明白这些条约只是一纸空文，并论到：“签订这些条约，我们就像是跨坐两条板凳。这种日子不会太久。我们要知道我们先是因为哪条板凳而摔倒，我们也要知道我们什么时候才会摔倒。”有人为签订上述两份不侵犯条约一事对毕苏斯基提出批评，并谴责他低估了希特勒的野心并给了德国重整军备的时间；还让斯大林能够排除异己（特别是在乌克兰），而这些异己正是毕苏斯基的普罗米修斯计划所扶持的。