魏祖玄门有史可查第一女真，生於曹魏正始十三年（西元252年）山东任城樊邑人（济宁），司徒魏舒之女。自幼博览百家，通儒学五经，尤耽好老、庄。常静居行导引、吐纳术，服食药物，意欲独身修仙，遂其所愿。其父母不允，二十四岁嫁给太保掾南阳刘文(字彦幼)。刘文任修武(今河南境内济源)县令，魏华存随至任所，生有二子。后别居，持斋修道多年，广搜道教神书秘笈，曾为天师道祭酒。
　　《云笈七签》上载：魏华存居修武县时，因“冥心斋静，累感真灵”，谓于西晋太康九年（西元288）三十七岁时，忽有众真下降，清虚真人王褒为其师，并授以《太上宝文》《八素隐书》《大洞真经》《灵书紫文八道》《紫度炎光》《石精玉马》《神真虎文》《高仙羽玄》《雷法修真符》等经三十一卷，并称“此书昔授之西城总真君，今以付子，且语以存思指归行事口诀”。於是《上清经》从此而行世。后又有景林真人别授《黄庭内景经》，令其昼夜存念，诵习万遍之后，可洞观鬼神，调和三魂五魄，可致长生久视。
　　魏祖于东晋成帝成和九年（西元334年）撰写了《黄庭外景经》三卷之后于南岳白日飞升，时年八十三岁。魏祖飞升所踏之石，现尚存於南岳黄庭观旁。
　　魏祖定本的《黄庭内景经》简称《黄庭经》，是早期道教重要的经典被誉为丹经之王。它是七言诗的形式描述人体脏腑功能，以三丹田与黄庭宫为枢纽，存思黄庭，炼养丹田，积精累气，以求长生。内中所谈到的人体生理，多与中医学相通，其独到之处，尤其是重视大脑．下丘（玄关）的作用，确与现代科学不谋而合。