（一）柯南终于打败黑暗组织并找到恢复身体的方法，与小兰共结连理。后来两人有了爱情的结晶——一个男孩，取名为工藤柯南……

新，兰在一起了！

博士是坏人。。毛利是超人
　　还有，柯南的解药，竟然是爱的力量
　　青山刚昌终于透露了柯南结局
　　“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
　　“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
　　“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。
　　官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
　　阿笠博士的真面目
　　黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
　　事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
　　其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
　　青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
　　柯南结局498话（2小时半特辑）内容完全披露 感人

第一部分：江户川文代二度现身
　　江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
　　柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
　　与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
　　而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
　　在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
　　第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
　　柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
　　但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
　　原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
　　与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
　　而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
　　第三部份：小说家的意外访客
　　赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
　　因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
　　在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
　　工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
　　目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
　　他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
　　优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
　　第四部份：最黑的黑色
　　柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
　　这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
　　得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
　　而美国**也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
　　当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
　　关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。

后面会陆续发。。大家都来看看。。此文选自网络。本人认为比较可靠，发帖晒给大家看看，o(≥v≤)o

六和十二...绝对不行!!!
1）：新兰要在一起[哪怕两个人一块死 画外音＊心太狠了我随口一说] 2）：官配都要好好的在一起，人不要牺牲得太多了，尤其是新兰身边亲近的人
---♥工藤新一是我的男神哪

～秀一活着，贝姐活着，GIN活着，明美没死。朱迪找到真爱。新兰结局

总之新兰是肯定的辣ww还希望贝姐活着w

六，十二什么的去死希望是三吧。

阿笠博士和柯楠幸福美满的在一起了

我认为———
柯南有次说梦话说出了自己的秘密被兰听见了。柯南醒后，兰洒泪质问柯南是不是新一，无奈下，柯南承认了自己就是新一，兰一下抱住柯南说自己喜欢新一。就在这个时候，黑暗组织出现，要杀柯南，谁知道基德忽然出现就了柯南和兰。但是后来兰为了保护柯南和琴酒一起掉进海里。柯南悲痛欲绝，这时，哀带着白马探出现，并告诉柯南他们要一起回美国生活的消息，此刻，柯南只一心想着就兰，没有理会他们，探知道兰掉进了海里帮助柯南找兰，哀却在一边默默流泪。
结果大家偶然发现，基德带走了兰。青子也出现在了柯南面前，告诉柯南自己喜欢快斗，可是发现快斗是自己最讨厌的基德，青子表示，自己也知道了柯南和哀的事，青子的爸爸，中森警官也在寻找黑暗组织。希望柯南帮助快斗不要他再做基德。
柯南根据青子给的地址找到了快斗，要兰。快斗却说，只要柯南忘记自己，他就把兰交给柯南。柯南同意了。
柯南带回了兰，吃了阿笠博士改进的解药后变回了新一。和兰一起上学去了。
另一边，黑暗组织也被警方抓住。哀和探回了美国。快斗找到青子告诉青子自己不再做基德。就和青子一同笑着走了。
服部知道了新一变回来的消息赶来了。新一嘲笑着服部，不懂和叶，一语惊醒梦中人。服部马上回家给和叶表白。
就这样……
新兰，快青，探哀，平和就这么在一起了。

没指望结局⊙▽⊙

全挂