宗教和哲学/科学是两种完全不同的思维方式，它们有冲突是显然的，但它们同样有契合的地方，甚至可以说没有宗教，则哲学无法开始；同样，没有哲学，宗教无法称之为成熟的宗教。
所谓哲学-科学，它是一种不自我封闭的知识和经验系统，它的基础是无限归纳；然而对于个体而言，无限归纳是无可能的，科学归纳法本身也是一种有限归纳，它需要一个所谓的“合理假定”作为开始，然后逻辑和有限经验互相缠绕，这种基于生活高于生活的模型才能建立，而这种并不完美更不是处处贴合的模型就叫科学-哲学；而那个在某个特定时间和空间内，展现合理性的假定又是什么呢？那就是宗教要给的答案了。

楼主的这个问题太庞大，而且可能不是有谁能替你解惑的，我只能陆陆续续说一些我自己的看法，这一切还需要你自己慢慢去体悟，这个“慢慢”是指一辈子。一句话，这个问题楼主提出来的时间不算晚，但给这个问题以答案则尚早

哲学和宗教实则不存在冲突，真正的冲突只存在于宗教与宗教之间，假如哲学都能跟宗教产生冲突的话，那人类基本上就可以放弃治疗了。事实上任何一个文化都可以形成宗教，或者说宗教注定要附着于文化，但哲学不是这样的，哲学无所谓附着，不能说因为哪种文化产生了哲学。宗教持有，哲学向无。

所以以前说过缸中之脑最终要归于上帝/真主/如来。。。