在第五集左右，纣王面对群臣“如果坚持伐建木，那么上天将降大难于大商”的力谏，纣王说了一句“为何总是在乎这些虚无缥缈之事？”这样的话。从这里，貌似纣王是不相信有“神”的存在的。如果纣王真的是一个无神论者，那么就可以理解他的无知无畏了。可是，如果纣王不相信神的存在，那么为何第一集要祭扫建木祠？为何还要让那几个巫师去传达上天的意愿，如果所谓的“上天”都不存在的话？
不过还有另外一个问题：《建木传奇》里面存在“神”吗？比如说像女娲那样的神。前面殷洪说世界上存在三种“超自然”的存在：神、魔和仙。前面两种的力量与生俱来，而仙则是由人类修炼而来。并且神和魔在上古的大战中消亡殆尽。而且在目前我们看到的剧集中，并没有看到“神”存在的痕迹（别告诉我雷电劈大殿是一个证据；另外玉虚宫那些“人”应该是仙的吧——但是元始天尊确实可能是神）。还有一个问题是：为何殷洪没有提到妖？妖是动植物修炼而来的具有法力的存在。难道说600年前商汤灭妖后人们以为妖精已经灭绝了？这也不对啊，因为妖精是动植物修炼而来，只要还有动植物，就还会有妖……