1．水田以水稻为例
（1）南方春耕时，对有肥田草和稻草还田的田块，每亩泼洒0.5公斤EM原液制成的1000倍稀释液沤田；没有肥田草和稻草还田的田块，每亩施50公斤EM原液发酵堆肥。
①土壤浇灌法 ②叶面喷洒法（用喷雾器）
（2）用200倍EM原液稀释液浸种2-4小时后播入秧场。
（3）秧苗长到2-3片叶时，用1000倍EM原液稀释液喷洒两次，提高成秧率。插秧前，用500倍EM原液稀释液泡根5分钟，保苗促长。
（4）移栽期，追施EM原液堆肥每亩50公斤或用EM原液稀释液随水浇灌。
（5）生长分蘖期、孕穗期、抽穗期分别用500倍EM原液稀释液喷洒叶面，也可视长势每周叶面喷施一次1000倍EM原液稀释液。
（6）用EM原液除草。秋收后，每亩撒施200-300公斤EM原液发酵堆肥，利用EM液促生长作用，让草籽打破休眠常规，反季节提前萌芽，不能越冬而死。第二年春，喷施一次500倍EM原液稀释液，加快残余草籽发芽，然后通过春耕翻田和旱地锄草，将杂草沤死或除去。如此连续二、三年，可清除全部杂草。
以上方法适用于其它水田作物。