清初太医院按明代旧制共设十一种，即：大方脉、小方脉、伤寒科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、口齿科、正骨科、咽喉科、痘疹科。嘉庆二年(1797年)，将咽喉与口齿、痘疹与小方脉各合为一科，遂成九科。
院使、院判、御医、吏目、医士各以所业专科，分班入宫，轮流侍直。在宫里的称为“宫直”；在外廷的称为“六直”。宫直在内药房及各宫外班房侍直；六直在外直房侍直。每日须有两名太医院官直宿，药库的库掌、笔帖式等，遇差传唤；乾清官御药房，每日由太医院大、小方脉二科各一人直宿，以供进御。
太医院的主要职责是为宫廷侍直，还承担一些奉旨委派的临时性任务和由该院直接委员从事的较为固定的任务。
奉旨委派的临时性任务大体有如下三种：
第一，凡诸王、公府及文武大臣请医视疾。
第二，外藩、公主、额驸及台吉大臣有疾请医。
第三，军营需医，奉旨差官医治。
由该院(或会同有关部门)委员从事较为固定的任务，主要有两项：
第一，文武会试(由礼部、兵部)，顺天乡试(由顺天府)各咨取医生二人，入场供事。至期“由院遴选通晓医理之大方脉科、疮疡科各一人，申送委用”。
第二，刑部监狱，“由院选派医生二人供役，每月给发药价银米。效力满六年，割回到院，升授吏目”。