神武门旧设钟、鼓，由銮仪卫负责管理，钦天监指示更点，每日由博士1员轮值。每日黄昏后鸣钟108响，钟后敲鼓起更。其后每更打钟击鼓，启明时复鸣钟报晓。皇帝住宫内时则不鸣钟。
顺治初年，孝庄皇太后下令，有人敢将缠足女子引入宫内者斩。这道懿旨曾悬挂在神武门内。神武门作为皇宫的后门，是宫内日常出入的重要门禁，明清两代皇后行亲蚕礼即由此门出入。清代皇帝从热河或圆明园回宫时多从此门入宫。此门也是后妃及皇室人员出入皇宫的专用门。皇帝出外巡幸，可由午门出宫，但随行嫔妃必须由神武门出宫。如果皇帝侍奉皇太后出宫，则一同出神武门。清代每三年一次选秀女，备选者经由此偏门入宫候选。1924年逊帝溥仪被逐出宫，即日出宫之时亦由此门离去