1. 防护部分
生物装甲
使徒级深空突击舰大胆摒弃了传统的多层复合式装甲结构，转而采用基于CUSK仿生科技的生物装甲层。这种装甲层仿造生物的皮肤设计，在拥有毫不逊色于常规装甲的抗打击能力的同时兼具强大的自我修复能力。使得使徒级深空突击舰的生存能力，明显优于同类型军舰。
生物装甲从外观上看，与传统的六角状拼接合金装甲并无明显的区别，但围观结构却有很大不同，其内部主要分为三个部分，高强纤维层（骨架），纳米凝胶层（肌肉），硬化沉积层（皮肤）。
高强纤维层：该层由两种不同的特种纤维构成。一种是高张力纤维，该纤维在拉断之前，长度竟然可以延伸二分之一以上；第二种纤维在拉断之前很少延伸，却具有很高的防[url]http://断裂强度[/url]，这两种特种纤维在互相胶粘叠合，按照各自功能特性的不同，共同编织形成致密的网状，形成装甲的基底骨架。
纳米胶连层：这层结构是一种由纳米机器人和之前使用在“圣甲虫”装甲输送车上的“剪切增稠液体”STF在分子层级上互相勾连而形成的一种半固态结构。其灵感来源于类似蛋奶糊的物质，当蛋奶糊被加热和搅拌时，就会迅速的变稠变厚。搅拌的越快，就会变的越硬。STF内含有大量悬浮着的纳米级硅胶颗粒。这种结构不仅可以吸收大量外来能量(特别是热能)，当受到较强的外力冲击时，层内的纳米机械会自动感应，使得该区域的半固态结构在极短时间内硬化，受到的冲击越强，硬化速度越快，以达到吸收冲击力的效果。而与其结合在一起的高强度纤维层则很好的固定了黏胶结构，也提供了额外的防护力。
硬化沉积层：该层是生物装甲最外层的硬化外壳，由损坏、故障等停止运行的“死亡”纳米机器人合金壳体层层细密堆积聚合而成，宛如皮肤外坚硬的角质层，内层新的壳体会不断生成，以替代外层剥落的部分。该壳层主要用于保护并支持内层结构。与一般人想象中不同，这层壳体并不是完整，有一些纳米级的碳纤维管道，如皮脂腺般，开口在壳体的表面，这些管道直接连通装甲最外层与内层的纳米凝胶层，由于凝胶层内的液体一旦暴露在外会在极短的时间凝固，所以会像皮肤表面的油脂一样，在装甲外侧形成一道保护膜，这倒保护膜不但隔热性、抗腐蚀性优良，且在熔化、汽化时能吸收大量热量，起到在常规装甲中的烧蚀层和耐腐层的作用，新的凝胶液会通过管道不断渗出表面并凝固，已替代之前被汽化或腐蚀的部分。
自我修复：当损伤较为轻微时，损伤部分附近的纳米机器人终端会自发的加快这一区域纳米机器人的自我复制过程，这些纳米机器人通过密布于装甲内部的碳纤维管道，来回穿梭于破损区域，自行修复损伤。当损伤较为严重时，作为基底的高强纤维层会对自身附近的结构破坏情况进行感知，并将所获得的数据上传至使徒级的中央量子处理器，激活舰船损管系统，损管系统会依据损伤程度的不同，通过遍布装甲内层的纳米机器人控制终端，发出引导信号，调动不同部位的纳米机器人，集中到某一损坏较为严重区域进行快速修理。使其能在较短时间内，恢复该区域的主要结构和功能。
附加防御结构：
纳米蜂群：纳米蜂群是以飞船辐射出的热能为主要动力的，装备有微型化的分子马达，它的主要构成成分是生物合金，它吸收外来的热能，并把这些热能转化为用于支持自身运行的化学能与电磁能。纳米蜂群以气溶胶形式存在大量存在于使徒级深空突击舰的表面与内部。飞船外部的纳米蜂群会发出干扰信号，遮挡飞船本身的热信号，使敌人难于辨别而且不论表面与内部，当纳米蜂群接触到没有在其内部数据库中登录的物质(渗透人员，寄生生物，吸附炸药等)时，外来物中的大部分将会被纳米蜂群分解吸收，同时当使徒级被彻底摧毁或被敌人控制时，船载的纳米蜂群会自动将大块的残骸分解，以防止技术泄漏。
液态金属循环冷却系统：该系统采用液态Na-K合金作为冷却液 由于该型液态合金熔点低，沸点高，热导率高，热容高，且性质稳定，无毒。在单相对流情况下，液态金属的对流换热系数可以比水高数个量级。同时，其出色的稳定性极大的拓展了散热领域由水冷所达到的极限热流密度。故而拥有极好的冷却效果 且结构相对更加紧凑 适合整合装备在活性装甲体内。
电磁防御系统：使徒级主要采用电磁屏蔽的方式对抗类似EMP的电磁攻击。系统同时提供对付EMP电场与磁场分量的屏蔽，考虑EMP脉冲的宽带特性。针对EMP中存在极宽的频段，设计师分别对对低、中、高频段进行屏蔽。同时设计者在进入电系统的导电通路处安装保护滤波器(例如，电源线路、传输线、天线的输入端等)。 同时在关键系统设计时已经考虑到在高频状态下集成电路走线的位置最大限度防止了EMP类武器 对系统的伤害。