因为人体消化系统中没有可以消化大豆低聚糖的酶，可通过小肠直接进入大肠，在大肠内被肠道微生物分解利用，从而影响肠道内微生物平衡。大豆低聚糖片中的主要成分水苏糖、棉子糖对人体肠道的有益菌群双歧杆菌有很好的增殖作用，大豆低聚糖在肠道被双歧杆菌吸收利用，被发酵降解成短链脂肪酸和一些抗菌素物质，抑制了外源致病菌和肠内固有腐败细菌的增殖，减少有毒发酵产物及有害细菌酶的产生。通过大豆低聚糖片增殖后的双歧杆菌通过磷脂酸与肠黏膜上皮细胞相互配合作用，占据肠黏膜表面，形成一层具有保护作用的生物膜屏障，阻止有害菌群的入侵，起到改善肠道环境和保护肠道的作用。