（一）经济结构不协调，产业间关联简单
在传统计划经济体制下，我国资源型城市的发展是受到国有资源开发企业的垄断控制，表现为一个城市企业化和企业城市化的过程。［在制度和产业技术的双重约束下，资源型城市的产业结构具有高度刚性。这主要表现为，资源型城市形成了以煤炭、石油、天然气、有色金属等不可再生自然资源的勘探开发、生产及加工销售为主的经济结构，而非综合发展的产业结构系统。因此，资源型城市的第一产业基础薄弱，第二产业比重过分偏大且超重型化，第三产业发展缓慢，对城市后续发展形成
刚性制约。
2009年代表性资源型城市的三次产业结构长期以来，我国把重工业放在优先发展的地位，轻视轻工业发展，导致轻重工业的比例关系不合理，形成了超重型的产业结构，这就使资源的合理利用和生产力的合理配置受到严重制约。而这种重化的产业结构，还导致产业间的发展失衡，轻工业以及现代服务业的发展相对滞后，致使产业间的关联简单。不仅如此，单一的工业结构使资源利用面窄，产品门类简单，产品附加值低；输出区外的产品以资源型产品为主；同时消费品对外依赖性强，造成资源型城市长期存在着利润向外转移的现象，从而不利于城市轻工业和第三产业的发展，同时也降低了政府财政收入，进而加大了资源型城市
的转型约束。
（二）生态破坏严重，地质灾害加剧
众所周知，资源的开采和加工所排放的废物、废气以及工业固体废物，对生态环境有较大的负面影响；同时，由于资源开采会在一定程度上改变地质结构，还会导致地质灾害的加剧。据有关部门的统计，2009年，我国各行业共产生工业固体废物170674吨，其中23869吨来自于煤炭开采和洗选业，23442吨来自于黑色金属矿采选业，33894吨来自于黑色金属冶炼及压延加工业。上述三项之和累计占到了47.57％，而这些行业都是资源型城市的支柱产业，所产生的工业固体废物无疑会对环境造成危害。
尤其需要指出的是，长期以来，许多资源开采企业在生产时只注重短期经济效益，从而加速了矿产资源的耗竭，对环境造成了巨大的破坏。在资源开采过程中，由于一些地段的地下采空，导致了山体开裂、崩塌、滑坡、泥石流等地质灾害，从而加剧了水土流失和沙化，特别是对地下水资源的破坏更直接威胁到城市的基本用水需求。据统计，目前全国因采矿损毁土地累计达４０万公顷，因采空或超采地下水引起的地面沉降、坍塌、滑坡、地裂缝以及泥石流等地质灾害达千余处，全国每年工业固体废弃物排放量85％来自矿山排放，现有固体矿渣积存量达60亿吨～70亿吨，其中煤矿石山1500余处，占地5000公顷。这不仅威胁着现阶段人类的生存与发展，限制着新兴产业在资源型城市的生根和成长，更对子孙后代的发展环境产生了巨大破坏。
（三）市场规模小，市场化程度偏低
资源的开发和生产，例如油气资源、煤炭资源的开发和生产，存在较高的进入门槛，于是形成了以国家行政为主导、国有企业垄断经营为手段的经济管理模式，导致资源性企业长期在行业垄断和封闭的状态下运行。同时，也导致了资本、人才、技术等要素市场不发达、垄断性强等特征。张兆海从经济性沉淀成本和社会性沉淀成本的角度对该问题进行了进一步的阐述，认为沉淀成本与信息不完全的结合会在很大程度上扭曲资源配置，不利于生产要素的流动，以及资源型城市的转型。也就是说，资源型城市的市场较为单一、市场规模较小、市场化程度偏低。这既不利于区域内和区域间生产要素的流动，也不利于城市发挥其集聚效应和扩散效应，从而成为资源型城市向可持续发展模式转型的主要障碍。
（四）城市负担过重，社会矛盾累积
大中型国有资源型企业是资源型城市的经济主体。受长期以来计划经济模式的影响，这些资源型企业承担了许多城市公共服务职能，除与企业经营相关的税费负担、债务负担外，还有离退休人员负担、教育负担、社会保障负担等，形成了“企业办社会”的模式。这无疑会提高企业成本、降低运行效率、加大企业资金压力，最终不利于企业的可持续发展与竞争实力的提升。不仅如此， “企业办社会”的模式还导致了一系列的问题，比如许多医院、学校、社区，甚至一些基础设施和部分公共设施都依赖于矿业企业投资或支撑，从而导致基础建设成本高、基础设施条件差、城市的公共服务水平相对较低。
１９９４年实行国有企业改革以来，国有资源型企业的负担虽然有所减轻，但上述问题又由企业向政府转嫁，导致政府的财政负担较重；同时，由于资源枯竭，许多资源型城市的生产规模和就业机会也大幅下降，直接导致了下岗人员骤增，居民就业困难，成为社会矛盾积重难返的症结。因此，资源型城市在转型过程中，既要考虑经济效率的提升，又要考虑社会的安定与和谐。上述矛盾的累积无疑加大了转型期内资源型城市政府的财政压力和社会压力。
（五）城市发展缺乏规划，基础设施落后
我国资源型城市的建立和发展，其目的在于为国民经济发展提供能源保障与支持，所以资源型城市大都围绕这个中心进行建设，但这并不满足城市规划与经济结构协调发展的要求，也与现代城市的发展理念显然不符。当前，资源型城市在规划中的主要不足表现为：城市生活配套设施设备陈旧，建设滞后；城市功能区的分布不协调，从而难以发挥城市在生产要素配置中的规模效应和集聚效应。在资源型城市发展过程中，不少资源型企业只是追求短期经济效益，即使在资源开采的繁荣时间，当地政府也忽视了城市的可持续发展规划。因此，当资源型城市面临发展模式的转型时，发现之前的城市格局和基础设施建设水平并不能满足经济、文化、交通、通信等城市功能需求和可持续发展的要求。