清初太医院按明代旧制共设十一种，即：大方脉、小方脉、伤寒科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、口齿科、正骨科、咽喉科、痘疹科。院使、院判、御医、吏目、医士各以所业专科，分班入宫，轮流侍直。在宫里的称为“宫直”；在外廷的称为“六直”。宫直在内药房及各宫外班房侍直；六直在外直房侍直。每日须有两名太医院官直宿，药库的库掌、笔帖式等，遇差传唤；乾清官御药房，每日由太医院大、小方脉二科各一人直宿，以供进御。