Sigil 是 epub 制作软件，主要用途是制作 epub 书籍，并不是管理和转换软件，所以不建议用 Sigil 来做 epub 转换工作（包括格式转换、分割、合并）。并不是用 Sigil 说不能做，而是做起来很麻烦。
建议用 calibre 并下载专门的插件 epubmerge 来做这个事。看这里的 7 楼：http://tieba.baidu.com/p/4745365347
如果你真要用 Sigil 来做，就等于是自己重新设计编排了一本书。效果虽然比直接转换好，但做起来会很麻烦，特别是你对 epub 这种格式不熟时就更是如此。给你个大致的流程：
1、对你的书籍做个大致的设计。因为 Sigil 设计的组织形式不合适做合集书籍，我们用文件名来做。比如现在有 4 本书，我们分别以 book1、book2、book3、book4 标记。在 book1 的相关资源上面要全部加上 book1 前缀，以此类推。
2、在 Sigil 中对相关资源进行重构。比如用 Sigil 打开 book1，通过 Sigil 的批量命名功能，把里面的文件统统加上 book1 前缀。比如 Section0001.xhtml 变成 book1Section0001.xhtml，Style0001.css 变成 book1Style0001.css 等等。Sigil 会自动完成 html 中相关引用的重构，你只管改名就好了，重构造完之后 epub 还能正常原作就算成功。
3、标题降级。因为合并之后每本书的书名将成为第一级标题，所以每本书的标题要全部降级。h1 降 h2、h2 降 h3 ，以此类推。
4、拆书。把 epub 后缀改为 zip，解压为文件夹。
5、重新导入。新建一个 epub 文件，按你希望的顺序把不同书的文件依次导入到这个文件中。全部完成之后生成一下目录就可以了。如果你想要独立做一个到每本书的索引目录，可以在这个时候做。最后填好元数据，你的书就合并好了。