近年来，随着微生物菌肥的不断发展，微生物菌肥的作用逐渐被开发和利用，已慢慢取代传统生物肥料。微生物肥通过所含微生物的生命活动，增加了植物微量元素营养的供应，包括土壤和生产环境中植物营养元素的供应，促使植物营养状况的改善，进而增加植物产量。
按照目前市场所用的几种微生物菌肥，可将微生物菌肥分为以下几类。
1、生物有机肥料
生物有机肥料与其它肥料在使用的菌种、生产工艺等方面各有不同。在菌种使用方面，微生物接种剂使用的菌种主要是枯草、地衣、胶冻、巨大等芽孢杆菌以及根际促生菌。
2、复合微生物肥料
复合微生物肥料的产品形式主要有三种。第一种是微生物接种剂与有机物料、无机肥料混合后造粒；第二种是微生物接种剂与有机肥料混合造粒然后与化肥复合肥混合包装；第三种是在有机无机复合肥的包装中附加一袋微生物接种剂，在田间施用前将接种剂与有机无机复合肥混合。
3、秸秆腐熟剂和畜禽粪便、有机废弃物发酵剂
随着经济的发展，农畜业集约化经营，农畜业废弃物和生活垃圾污染环境的现象日益严重。利用秸秆以及畜禽粪便等废弃有机物，配以菌粉腐熟剂发酵，能够做到变废为宝，既解决了部分环境污染问题，又能用很小的成本增加收入。秸秆腐熟剂以及有机废弃物发酵剂在近几年有着很好的市场空间。
4、微生物接种剂
微生物接种剂是指用已知的有益微生物经液体发酵生产而成的液体活菌制品，或菌液经无菌载体吸附而成的固体活菌制品。
微生物肥料的功效是一种综合作用。总体来说，微生物肥料的作用为以下几点。
1、增进土壤肥力，施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源；解磷、解钾微生物肥料，可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，转变为作物能吸收利
用的磷、钾化合物；改善作物的营养条件。
2、增强植物抗病和抗旱能力。微生物肥料由于在作物根部大量生长繁殖，抑制或减少了病原微生物的繁殖机会；抗病原微生物的作用，减轻作物的病害；微生物大量生长，菌丝能增加对水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
3、减少化肥的使用量和提高作物品质。使用微生物肥料后对于提高农产品品质。如蛋白质、糖分、维生素等的含量上有一定作用，有的可以减少硝酸盐的积累。