黄顶菊根系发达,最高可以长到2米,在与周围植物争夺阳光和养分的竞争中,严重挤占其他植物的生存空间。严重影响其他植物的生长,特别是对绿地生态系统有极大的破坏性,使许多生物灭绝。黄顶菊一旦入侵农田,将威胁农牧业生产及生态环境安全,因此又称为“生态杀手”。黄顶菊的根能产生一种分泌物,这种分泌物能抑制其他植物的生长。一个地方只要出现一株黄顶菊,不出几年该地就没有其他植物了。可以想象,黄顶菊一旦入侵到农田里边,对农业将造成难以估量的损失。
黄顶菊根系能产生一种化感物质,这种化感物会抑制其他生物生长,并最终导致其他植物死亡。在生长过黄顶菊的土壤里种上小麦、大豆,其发芽能力会变得很低。这也就意味着,如果对黄顶菊不加防治,几年后整个地面很可能就只剩下黄顶菊了,这势必会破坏生物的多样性。黄顶菊的花期长,花粉量大,花期与大多数土著菊科交叉重叠。如果黄顶菊与发生区域内的其他土著菊科植物,产生天然的菊科植物属间杂交,就有可能导致形成新的危害性更大的物种。