抑郁是丙肝患者在治疗过程中最常见的不良反应，可从烦躁不安到严重的抑郁症。尽量在使用干扰素治疗前应查看判定丙肝患者的精神状况，治疗过程中也要更加的留意。服用抗抑郁药可缓解这种不良反应。所以丙肝患者在治疗时一定要放松心情不要给自己太大的压力。
骨髓抑制这一现象在丙肝的治疗期间也是经常出现的、为外周血白细胞和血小板减少。可通过减小剂量治疗来减轻这一症状，必要使建议停止治疗。
丙肝治疗期间还有一些其他的比较少见的反应，包括肾脏损害、心血管并发症(心律失常、缺血性心脏病和心肌病等)、视网膜病变、听力下降和间质性肺炎等症状。