1.不一致的程度分析：
A.验证30个基因，25个表达趋势一致；
B.验证30个基因，15个表达趋势一致；
C.验证30个基因，5个表达趋势一致；
D.验证3个基因，1个表达趋势一致。
2.首先，思考可能存在的原因？
如D情况，随机出现的概率会比较大，属于验证实验设计不合理，不作为讨论范围。
如A情况，属于结果一致，为了更好的表示是否一致，建议计算30个基因的相关性系数，趋势只反映上下调，不能反映倍数。一般相关性系数大于0.8，说明一致性较好
如C情况，优先考虑是否是实验组与对照组在某个实验中设置颠倒。
如B情况，相对复杂，需要一步一步来排查：能够出现问题的点，无非是验证设计有问题？QPCR结果不准确？转录组结果不准确？
验证设计有问题：样本是否是同一批次样本进行转录组和QPCR分析？挑选验证基因时，是否低表达的基因比例过高（对于低表达基因，转录组表达量结果准确性偏低）？
QPCR结果不准确：查找实验环节是够存在问题？内参基因是否稳定？
转录组结果不准确：查看插入片段随机性分布，是否存在5'端严重降解？查看比对效率是否正常？查看样本间的相关性系数，是否存在组内小于组间？
3.分析差异表达的基因的readcount一般在多少比较比较合适？
一般认为多个样本中，至少有一个样本的3次生物学重复的readcount≥10；
如果进行RT-pcr验证，建议选择至少有一个样本的3次生物学重复的readcount≥20.