耶路撒冷圣约翰医院骑士团在马耳他岛的统治一直持续到18世纪，1798年6月11日，拿破仑迫使医院骑士团投降，占领了马耳他岛，岛上骑士团的教堂和修道院被法军洗劫一空。骑士团的大部分成员前往俄罗斯，在那里，俄罗斯沙皇保罗一世给予他们以庇护，而骑士团则选举保罗一世为新的骑士团大团长。离开了马耳他岛之后，耶路撒冷圣约翰医院骑士团就此失去了领土，但作为一个组织仍然存在，虽然骑士团在马耳他岛的主权权利透过1802年亚眠条约（Treaty of Amiens）的签订而得到英、法等国的承认，但骑士团却从未被允许回到该岛。尔后骑士团于1834年在罗马重建总部，终于再次稳定下来。骑士团的军事使命已经完结，此后主要从事慈善事业。今天，马耳他骑士团在联合国享有永久观察员实体的地位，但马耳他骑士团并没有任何领土，它设在罗马的总部马耳他宫，是位于罗马市孔多迪大街68号，占地1.2万平方米的大厦。但这并非其领土，该宗土地主权属于意大利，租借给马耳他骑士团，同时意大利给予该大楼外交待遇。很多资料都将马耳他宫误认为是马耳他骑士团的领土，从而作出马耳他骑士团是最小的国家的结论，这是错误的。因为马耳他骑士团没有领土，所以只能成为联合国观察员实体，而不能医院骑士团骑士成为会员国或观察员国；而且因为没有领土，很多东西方专家学者认为无领土即不属于国家，只能是实体，中华人民共和国也不将其视为一个国家。红十字会标志不是来源于医院骑士团，而是来源于其创始人亨利·杜南的祖国瑞士国旗，图案相同颜色相反，以表彰其为国际人道做出的杰出贡献。